核心结论：侵占公司5000元，在大多数情况下未达到职务侵占罪的立案标准，因此通常不会被认定构成犯罪并判刑。但具体还需结合地区差异、司法实践以及案件具体情况来综合判断。
法律背景与详细解释：
- 职务侵占罪的立案标准：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》的相关规定，职务侵占罪中的“数额较大”起点一般为6万元。这意味着，只有侵占数额达到或超过6万元时，才可能构成职务侵占罪并面临刑事处罚。
- 地区差异与司法实践：虽然“数额较大”的一般标准为6万元，但具体标准可能因地区差异、经济背景变化或新的司法解释出台而有所调整。不过，在大多数地区和常规司法实践中，5000元并未达到职务侵占罪的立案标准。
- 未构成犯罪的处理方式：即使侵占5000元不构成刑事犯罪，但该行为仍违反了民事法律和单位的规章制度。单位可以通过民事诉讼要求行为人返还侵占的财物，并赔偿因侵占行为造成的相应损失。同时，单位内部也可依据自身的规章制度对行为人进行纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等。
特殊情况下的法律后果：
- 个别地区或新司法解释的影响：若在个别地区或根据新的司法解释，5000元已达到或超过当地的职务侵占罪立案标准，则行为人可能面临刑事处罚。具体量刑将依据《刑法》第二百七十一条的规定，并结合犯罪情节、自首、立功、退赃退赔等因素由法院综合判断。
- 犯罪情节的考量：在判断是否构成犯罪以及量刑时，法院会综合考虑多种因素，包括被告人的犯罪动机、手段、情节、社会危害程度以及是否有悔罪表现等。这些因素虽然不影响基本的立案标准，但可能在个别案件中成为量刑或处罚的参考依据。
法律建议与提醒：
- 遵守法律法规：无论侵占数额大小，都应严格遵守法律法规，不得利用职务之便侵占公私财物。这是每个公民的责任和义务，也是维护社会公正和稳定的基石。
- 加强内部管理：公司、企业应建立健全内部管理制度，加强财务监管和审计，预防职务侵占行为的发生。这有助于维护单位的正常秩序和合法权益，减少不必要的法律风险。
- 及时咨询与应对：如果面临职务侵占等法律问题，无论是行为人还是受害者，都应及时向我咨询以获取准确的法律意见和帮助。我将根据具体案情提供个性化的法律分析，帮助当事人了解可能的法律后果和应对策略。
综上所述，侵占公司5000元在大多数情况下不会构成刑事犯罪，但仍需承担民事责任和单位内部的纪律处分。在处理此类问题时，应综合考虑法律规定、案件具体情况以及被告人的个人情况等因素。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。