员工挪用公款5000元是一个涉及法律的问题，其处理方式及可能的法律后果需要依据具体法律法规和案件情况来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、处理方式

1. 公司报案：

   • 公司或单位在发现员工挪用公款达5000元以上时，可以向公安机关报案。
   • 公安机关会立案侦查，并依法对犯罪嫌疑人采取相应措施，如传唤、拘留等。

2. 侦查与追缴：

   • 在侦查期间，公安机关会全力追缴涉案资金，以挽回公司的损失。
   • 公司可以配合公安机关提供相关证据，如财务账目、资金往来记录等，以支持指控。

3. 法律诉讼：

   • 若法院判决员工构成挪用资金罪，会依据情节的轻重来判处相应刑罚。
   • 除了刑事处罚，公司还可以通过民事诉讼要求员工返还挪用的公款，并赔偿公司所遭受的损失。

二、法律后果

1. 刑事责任：

   • 根据员工身份的不同，挪用公款可能构成不同的犯罪。
     • 若员工是国家工作人员，可能构成挪用公款罪。依据《刑法》规定，挪用公款归个人使用，进行非法活动，或挪用公款数额较大、进行营利活动，或挪用公款数额较大、超过三个月未还的，可能面临五年以下有期徒刑或拘役，情节严重者可处五年以上有期徒刑，挪用数额巨大不退还者可处十年以上有期徒刑或无期徒刑。
     • 若员工是非国家工作人员，则可能构成挪用资金罪。挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，数额较大、超过三个月未还，或虽未超过三个月但数额较大、进行营利活动，或进行非法活动的，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，数额巨大者可处三年以上七年以下有期徒刑，数额特别巨大者可处七年以上有期徒刑。

2. 民事责任：

   • 无论员工是否被判刑，公司都有权通过民事诉讼要求员工返还挪用的公款，并赔偿因此造成的经济损失。

三、总结与建议

• 员工挪用公款5000元以上的行为已经触犯了法律底线，不仅可能面临刑事处罚，还会对个人职业生涯及声誉造成重创。
• 公司应及时采取行动，向公安机关报案，并配合侦查工作，以挽回损失。
• 同时，公司也应加强内部管理，建立健全的财务制度和监管机制，预防类似事件的发生。

综上所述，员工挪用公款5000元的处理方式及法律后果需要根据具体法律法规和案件情况来确定。公司应及时报案并配合侦查工作，同时加强内部管理以预防类似事件。