公司是否需要承担责任，取决于具体情况，但通常情况下，如果项目部盖章的款项被打入个人账户，公司很可能需要承担相应的法律责任。以下从几个角度详细分析：
表见代理与职务行为的角度：
- 如果项目部的工作人员在盖章并指示款项打入个人账户时，被第三方合理认为是代表公司进行的职务行为，或者构成了表见代理（即第三方有理由相信该工作人员有权代表公司），那么公司可能需要承担该行为的法律后果。这包括但不限于返还款项、赔偿损失等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于代理的规定，如果行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后以被代理人名义订立合同，相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效。这同样适用于项目部工作人员的行为，如果其行为足以让第三方相信其代表公司，则公司可能需要承担责任。
公司内部管理责任的角度：
- 即使项目部工作人员的行为不构成表见代理或职务行为，但如果公司内部管理存在漏洞，如未对项目部印章的使用进行严格管理，或者未对工作人员的财务行为进行有效监督，公司也可能因内部管理不善而承担一定的法律责任。
- 建议：公司应建立健全的内部管理制度，包括印章管理、财务管理等，以防止类似情况的发生。
刑事犯罪的角度：
- 如果项目部工作人员利用职务之便，将公司款项打入个人账户，可能构成职务侵占罪或挪用资金罪等刑事犯罪。在这种情况下，公司不仅是民事责任的承担者，还可能成为刑事犯罪的受害者，有权向公安机关报案并追究相关人员的刑事责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为；挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
实际操作中的建议：
- 对于公司而言，一旦发现项目部盖章的款项被打入个人账户，应立即进行内部调查，了解具体情况，并采取相应的法律措施，如要求返还款项、追究内部责任等。
- 同时，公司应加强与第三方的沟通，解释情况，避免因误解或信息不对称而引发的法律纠纷。
总结来说，项目部盖章款项打入个人账户，公司是否需要承担责任取决于多种因素，包括工作人员的行为是否构成表见代理或职务行为、公司内部管理是否存在漏洞以及是否涉及刑事犯罪等。因此，公司在面对这种情况时，应综合考虑各种因素，并采取相应的法律措施来维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。