结论：行为人因虚开发票被刑事立案后补缴税款，并被作出相对不起诉处理，此种情况下仍然可能面临行政处罚。

分析说明：

1. 刑事与行政责任的独立性：

   • 刑事责任和行政责任是两种独立的法律责任。刑事责任主要关注行为的社会危害性和应受惩罚性，而行政责任则侧重于对违法行为的纠正和行政秩序的维护。
   • 即使行为人因补缴税款等情节被检察机关作出相对不起诉处理，这仅意味着其刑事责任得到了某种程度的减轻或免除，但并不影响其可能承担的行政责任。

2. 虚开发票的行政违法性：

   • 虚开发票行为不仅可能构成犯罪，同时也违反了税收管理方面的行政法规。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，虚开发票是违法行为，税务机关有权对其进行行政处罚。
   • 行政处罚的种类包括罚款、没收违法所得、停止出口退税权等，具体处罚措施根据违法情节的严重程度而定。

3. 相对不起诉与行政处罚的关系：

   • 相对不起诉是检察机关在审查起诉阶段，根据案件具体情况和法律规定，对犯罪嫌疑人作出的不起诉决定。这并不意味着行为人的行为完全合法或不受任何处罚。
   • 税务机关在发现虚开发票行为后，有权依法进行税务稽查，并根据稽查结果作出相应的行政处罚决定。即使行为人已被检察机关作出相对不起诉处理，税务机关仍可独立行使行政处罚权。

法律建议：

• 对于行为人而言，即使因补缴税款等情节被检察机关作出相对不起诉处理，也应积极配合税务机关的调查和处理工作，主动接受行政处罚，以减轻或避免更严重的法律后果。
• 如果行为人对税务机关的行政处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果行为人拒绝接受行政处罚或逃避税务机关的调查和处理工作，可能会面临更严重的法律后果，包括被税务机关强制执行、被列入税收违法“黑名单”等。
• 在极端情况下，如果行为人的虚开发票行为情节特别严重或构成其他犯罪，还可能面临刑事责任的追究。

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