结论：公司对员工进行罚款是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。具体分析如下：

1. 法律框架下的罚款权限制
   根据《劳动合同法》及《行政处罚法》相关规定，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权。因此，公司直接以“罚款”名义扣减员工工资的行为，原则上缺乏法律依据。但需注意以下例外情形：

   • 法定扣减情形：若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，要求员工赔偿经济损失，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 规章制度合法性：若公司通过民主程序制定合法有效的规章制度（如员工手册），明确规定特定违纪行为（如旷工、严重失职）的处罚措施为“扣减绩效工资”或“赔偿损失”，且该制度已向员工公示或告知，则可能被认定为合法。但需严格区分“罚款”与“绩效扣减”的法律性质，前者缺乏法律依据，后者需符合合同约定及制度规定。

2. 实践中的常见风险点

   • 直接罚款的违法性：若公司以“迟到罚款”“工作失误罚款”等名义直接扣减工资，且无法证明员工存在故意或重大过失造成损失，或未通过合法程序制定相关制度，则属于违法行为。员工有权要求公司返还被扣款项，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • “以罚代管”的合理性：即使公司制度规定了违纪处罚，若处罚措施明显不合理（如迟到1分钟扣款500元），或未与员工协商一致，可能因违反“公平合理”原则被认定为无效。

3. 员工应对建议

   • 核查制度依据：要求公司出具罚款的书面依据（如规章制度条款、劳动合同约定），并核实其制定程序是否合法（如是否经职工代表大会讨论、是否公示）。
     
   • 保留证据：保存工资条、罚款通知、考勤记录等证据，以备维权时使用。
     
   • 协商或投诉：若认为罚款不合理，可先与公司协商；协商无果的，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款并要求公司承担违法解除劳动合同等法律责任（如适用）。

总结：公司无权随意对员工罚款，但可通过合法制度规定扣减绩效或要求赔偿损失。若遇到此类问题，建议结合具体情况分析制度合法性及处罚合理性，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。