结论：公司领导每月工资全发而员工按照百分比发放工资的做法，一般是不合法的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
法律背景与解释
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬。这意味着，员工的工资发放方式、金额等应当在劳动合同中有明确的约定。
- 如果劳动合同中明确规定了员工的工资是按照固定金额发放，而非按照百分比发放，那么公司按照百分比发放工资的做法就违反了劳动合同的约定，是不合法的。
公司规章制度的合法性：
- 公司规章制度虽然可以规定工资的发放方式，但必须符合法律法规的规定，且不得与劳动合同相冲突。
- 如果公司规章制度中规定了按照百分比发放工资，但这一规定违反了法律法规的强制性规定，或者与劳动合同中的约定相悖，那么这一规定也是无效的。
法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者有权获得与其劳动相对应的报酬，且报酬应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
- 如果公司按照百分比发放工资，导致员工实际获得的报酬低于其应得的劳动报酬，或者违反了最低工资标准等强制性规定，那么这种做法就是不合法的。
具体分析
- 情况一：如果劳动合同中明确规定了员工的工资是固定金额，且公司规章制度中也没有规定按照百分比发放工资，那么公司按照百分比发放工资的做法显然是不合法的。员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资。
- 情况二：如果劳动合同中没有明确规定工资的发放方式，但公司规章制度中规定了按照百分比发放工资，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不与劳动合同中的其他条款相冲突，那么这种做法可能是合法的。但即便如此，如果员工认为这种发放方式不公平或不合理，仍然可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的权益。
- 情况三：如果公司按照百分比发放工资，导致员工实际获得的报酬低于最低工资标准或违反了其他强制性规定，那么这种做法无疑是不合法的。员工有权要求公司补足差额，并可能获得相应的赔偿。
法律建议
- 对于员工：如果发现公司按照百分比发放工资的做法不合法或不合理，首先应当与公司进行协商，要求公司按照劳动合同的约定或法律法规的规定支付工资。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司：应当严格遵守法律法规和劳动合同的约定，合理确定员工的工资发放方式。如果确实需要调整工资发放方式，应当与员工进行充分协商，并确保调整后的方式合法、合理且公平。
最后，工资发放问题涉及到员工的切身利益，也关系到公司的合法合规运营。因此，无论是员工还是公司，都应当对此给予足够的重视。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。