在非法营运案件中，如果当事人不配合调查，执法部门和司法机关会采取一系列措施来确保调查的顺利进行和案件的公正处理。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 执法部门的应对措施：

   • 强制措施：根据相关法律法规，执法部门在调查非法营运案件时，有权要求当事人配合调查，包括提供相关证据、接受询问等。如果当事人拒绝配合，执法部门可以依法采取强制措施，如传唤、留置等，以确保调查的顺利进行。
   • 证据收集：执法部门会积极收集其他相关证据，如现场勘查记录、证人证言、监控录像等，以形成完整的证据链，证明当事人的非法营运行为。这些证据在后续的法律程序中将成为关键依据。

2. 司法机关的处理方式：

   • 推定认定：在当事人不配合调查的情况下，如果执法部门已经收集到足够的间接证据，能够形成完整的证据链，证明当事人存在非法营运行为，司法机关可以依法进行推定认定，即根据现有证据推断当事人的违法行为。
   • 不利后果：当事人不配合调查的行为可能会被视为对法律程序的不尊重，甚至可能被视为有罪的暗示。在司法实践中，这种不配合行为可能会对当事人的量刑或处罚产生不利影响。

3. 对当事人的法律建议：

   • 积极配合：我建议当事人在面对非法营运案件的调查时，应积极配合执法部门的工作，如实提供相关证据和信息。这有助于维护当事人的合法权益，也有助于案件的公正处理。
   • 寻求法律帮助：如果当事人对调查程序或相关法律法规存在疑问，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以为当事人提供法律咨询、代理申诉等法律服务，确保当事人的合法权益得到充分保障。

4. 可能的法律后果：

   • 行政处罚：如果当事人被认定存在非法营运行为，可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
   • 刑事责任：在严重的情况下，如果当事人的非法营运行为构成犯罪，还可能面临刑事责任的追究，如有期徒刑、罚金等。

总结来看，非法营运案件当事人不配合调查并不是明智之举。这不仅可能阻碍调查的顺利进行，还可能对当事人的合法权益产生不利影响。因此，我建议当事人在面对此类案件时，应积极配合执法部门的工作，并寻求专业律师的法律帮助，以确保案件的公正处理和自身合法权益的充分保障。如果您有任何关于非法营运案件的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。