如果道路运输企业不配合案件调查，首先应当明确的是，企业有义务配合相关部门的合法调查。针对这一问题，可以从以下几个角度来处理：

1. 法律义务与责任：

   • 道路运输企业作为经营主体，有义务遵守国家法律法规，包括配合相关部门的调查。不配合调查可能构成违法行为，甚至可能面临行政处罚或刑事责任。
   • 应当向企业明确说明不配合调查的法律后果，以及可能对其声誉和业务造成的负面影响。

2. 沟通协商：

   • 尝试与企业进行积极沟通，了解其不配合调查的具体原因，是否存在误解或困难。
   • 通过沟通，寻求双方都能接受的解决方案，如调整调查时间、方式等，以减轻企业的负担。

3. 采取法律手段：

   • 如果沟通无果，相关部门可以依法采取一系列强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，以迫使企业配合调查。
   • 在采取法律手段前，应确保程序的合法性和正当性，避免侵犯企业的合法权益。

4. 寻求政府或行业组织的协助：

   • 可以向政府相关部门或行业组织反映情况，请求其协助解决企业不配合调查的问题。
   • 政府或行业组织可能通过行政指导、协调等方式，促使企业履行配合调查的义务。

5. 记录与备案：

   • 在整个过程中，应详细记录企业不配合调查的情况，包括时间、地点、具体行为等，以备后续可能的法律程序使用。
   • 如有必要，可以向相关部门或机构进行备案，以证明企业的违法行为。

综上所述，道路运输企业不配合案件调查是一个需要综合考虑多方面因素的问题。在处理过程中，既要坚持法律的严肃性，又要注重沟通的灵活性和有效性。如果你在这方面遇到任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。