针对非法营运嫌疑人不配合的情况，可以采取以下措施进行处理：

1. 法律教育与劝导：

   • 首先，尝试对嫌疑人进行法律教育，明确告知其非法营运的法律后果，包括可能的罚款、没收违法所得、车辆扣押等行政处罚，以及如果情节严重可能构成的刑事犯罪。
   • 通过耐心劝导，解释配合调查的重要性，以及不配合可能带来的更严重后果，如被认定为妨碍公务等。

2. 依法采取强制措施：

   • 如果嫌疑人仍然不配合，且其行为已经构成了对调查工作的妨碍，执法部门可以依法采取强制措施，如强制传唤、留置盘问等，以确保调查工作的顺利进行。
   • 在采取强制措施时，必须严格遵守法定程序，确保嫌疑人的合法权益不受侵害。

3. 收集证据与固定事实：

   • 在嫌疑人不配合的情况下，执法部门应更加注重证据的收集与固定。可以通过现场勘查、询问其他目击者、调取监控录像等方式，收集能够证明嫌疑人非法营运的证据。
   • 确保所有证据都合法、有效，能够形成完整的证据链，以支持后续的行政处罚或刑事诉讼。

4. 申请法院协助执行：

   • 如果嫌疑人拒不履行行政处罚决定，如拒不缴纳罚款、拒不交出被扣押的车辆等，执法部门可以向法院申请强制执行。
   • 法院将依法对嫌疑人的财产进行查封、扣押、拍卖等措施，以强制其履行义务。

5. 考虑刑事立案与追诉：

   • 如果嫌疑人的非法营运行为情节严重，构成了犯罪，如非法经营罪等，执法部门应依法进行刑事立案，并展开刑事追诉程序。
   • 在刑事追诉过程中，嫌疑人如果不配合，将面临更严厉的刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。

在处理过程中，需要注意以下几点：

• 程序合法性：所有处理措施都必须严格遵守法定程序，确保嫌疑人的合法权益不受侵害。任何违反法定程序的行为都可能导致处理措施无效，甚至引发行政复议或行政诉讼。
• 证据充分性：在嫌疑人不配合的情况下，证据的收集与固定尤为重要。必须确保所有证据都合法、有效，能够形成完整的证据链，以支持后续的行政处罚或刑事诉讼。
• 人性化执法：在处理过程中，应尽量做到人性化执法，尊重嫌疑人的尊严和权利。通过耐心劝导、法律教育等方式，引导嫌疑人主动配合调查工作，减少不必要的冲突和对抗。

如果遇到具体案件或复杂情况，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议和指导。