结论前置：当中标后发现项目经理有在建项目并提出质疑时，这通常意味着可能违反了招标文件的规定及相关的法律法规，可能导致中标无效、合同违约等一系列严重后果。处理此类问题需严格遵循法律程序，综合考虑多种因素，制定合理解决方案。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律法规及招标规则层面
违反规定与潜在后果：
- 招标文件中往往明确规定，拟派项目经理在投标时不得有在建项目，这是为了确保项目经理能够全身心投入到新项目中，保障项目的顺利进行。若违反此规定，根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，投标人可能面临中标无效、罚款、限制参与招投标活动等行政处罚。
合同条款的审查：
- 中标合同中关于项目经理的任职资格、职责及违约责任等条款是双方权利义务的重要依据。若合同中明确规定了项目经理不得有在建项目，而中标后发现存在此类情况，则中标人可能构成违约，需承担相应的法律责任。
二、招标人的处理措施
调查核实与沟通：
- 招标人应首先详细调查项目经理在建项目的真实性及其对本项目的影响，包括向相关项目业主、建设管理部门核实情况。
- 与中标人进行沟通，要求其就项目经理在建项目情况作出书面解释，并提供合理说明。
后续行动决策：
- 若在建项目对本项目实施构成重大不利影响，招标人可依据招标文件及法律法规取消中标资格，没收投标保证金，并依次确定下一名中标候选人或重新组织招标。
- 若中标人能证明在建项目无实质性影响且获得招标人认可，招标人可能允许继续履行合同，但需采取保障措施，如增加项目管理团队关键人员，以确保项目顺利进行。
三、对项目实施的影响及风险
进度与质量风险：
- 项目经理同时负责多个项目可能导致精力分散，增加项目进度拖延和质量事故的风险。这将对项目的整体实施产生不利影响，甚至可能导致项目失败。
法律责任：
- 若因项目经理在建项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，中标人可能需承担违约责任及相应法律后果，包括赔偿损失、支付违约金等。
四、应对策略与建议
立即核实与评估：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估其对本项目的影响。这有助于及时发现问题并采取措施，避免损失扩大。
积极沟通与协商：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案。如更换项目经理、调整项目计划等，以确保项目能够顺利进行。
审查合同条款与法律咨询：
- 仔细审查合同条款，明确双方权利义务。必要时咨询专业法律顾问或律师，获取具体、专业的建议和指导。这有助于中标人更好地了解自身权益和义务，制定合理的应对策略。
制定应急预案：
- 提前评估可能面临的法律风险，制定相应的应急预案和应对策略。这有助于中标人在面对突发情况时能够迅速应对，减少损失。
综上所述，中标后发现项目经理有在建项目是一个复杂且敏感的问题。需要各方保持冷静和理性，严格按照法律法规和招标文件规定处理。若你面临此类问题，可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律建议。