结论：乙方是否需要开票取决于款项性质及双方约定，但通常情况下若构成应税收入，乙方需依法开具发票。以下分情况具体说明：

1. 若款项属于工程款或劳务报酬，且乙方为增值税纳税人
   根据《增值税暂行条例》及《企业所得税法》，乙方提供建筑劳务或服务取得的收入属于应税行为，无论甲方是直接支付给农民工还是支付给乙方，乙方均需按实际收入向甲方开具合法发票。这是乙方履行纳税义务的法定要求，也是甲方税前扣除的合法凭证。
   例外情形：若乙方为小规模纳税人且月销售额未超过10万元（季度未超过30万元），可免征增值税，但仍需开具普通发票（部分地区可申请代开免税发票）。

2. 若款项属于代付工资，且双方明确约定甲方直接支付农民工工资
   若甲乙双方在合同中约定“甲方直接向农民工支付工资，该款项从乙方工程款中扣除”，此时需区分两种情况：

   • 乙方仍需开票：若乙方需就全部工程款（含甲方代付部分）向甲方开具发票，甲方代付的工资部分可视为乙方委托甲方代为支付，乙方仍需按合同总额开票，再通过内部凭证（如委托支付协议、工资发放表）处理账务。
     
   • 乙方无需重复开票：若双方约定甲方代付工资部分不包含在乙方开票范围内（即乙方仅就剩余工程款开票），则需在合同中明确约定，并附上农民工工资发放表作为甲方财务入账依据。但需注意，此操作可能存在税务风险，建议提前与税务机关沟通确认。

3. 若乙方为个人（非个体工商户）且未办理税务登记
   根据《发票管理办法》，个人提供劳务需向付款方开具发票的，可向税务机关申请代开。若甲方直接支付农民工工资，且农民工未与乙方形成雇佣关系（如乙方仅为中间介绍人），则农民工需自行向甲方开具发票（或申请代开），乙方无需开票。但若农民工与乙方存在雇佣关系，乙方需按工资薪金代扣代缴个税，此时无需开具发票，但需向甲方提供工资发放明细作为税前扣除凭证。

建议操作：

1. 明确合同条款：在施工合同中约定工资支付方式（甲方代付或乙方支付）及开票义务，避免歧义；
   
2. 保留完整凭证：无论是否开票，均需保留工资发放表、银行转账记录、合同等材料，以备税务检查；
   
3. 提前沟通税务机关：若涉及复杂操作（如代付工资不纳入开票范围），建议提前咨询主管税务局，确保合规。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的税务处理方案。