在骑手未返回或到店的情况下，商家申请货损赔付，具体扣谁的钱需根据实际情况和合同条款来确定。以下是从不同角度进行的分析：
如果商家与骑手之间存在明确的雇佣或服务合同关系：
- 在这种情况下，骑手作为商家的员工或服务提供者，有义务按照合同约定完成配送任务。如果骑手未返回或到店导致货物损失，且这一行为违反了合同约定或商家的规章制度，那么商家有权根据合同条款或内部规定要求骑手承担相应的赔偿责任。这种赔偿可能直接从骑手的工资、奖金或其他应得款项中扣除，或者要求骑手以其他方式支付。
如果商家与骑手之间是通过第三方平台（如外卖平台）进行合作的：
- 在这种情况下，商家与骑手之间可能并不存在直接的雇佣或服务合同关系，而是通过第三方平台进行交易和配送。如果骑手未返回或到店导致货物损失，商家应首先联系第三方平台，了解平台的赔付政策和流程。根据平台的规则，平台可能会根据具体情况对商家进行赔付，或者协助商家与骑手进行协商解决。如果平台认定骑手存在过错，平台可能会从骑手的账户中扣除相应款项作为赔付给商家，或者要求骑手以其他方式承担赔偿责任。
如果商家与骑手之间没有明确的合同关系，且无法确定责任方：
- 在这种情况下，商家可能需要通过法律途径来维护自己的权益。商家可以收集相关证据，如订单信息、配送记录、货物损失照片等，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求责任方承担赔偿责任。如果法院或仲裁机构认定骑手存在过错，那么骑手可能需要承担相应的赔偿责任。然而，在实际操作中，由于骑手可能缺乏足够的经济能力来承担赔偿责任，商家可能需要考虑其他途径来减少损失，如与保险公司合作进行货损赔付等。
法律建议：
- 商家在与骑手或第三方平台合作时，应明确合同条款和责任划分，以便在出现货物损失时能够迅速确定责任方并采取相应的赔付措施。
- 商家应妥善保管相关证据，如订单信息、配送记录、货物损失照片等，以便在需要时能够提供有力的证明来支持自己的赔付申请。
- 如果商家与骑手或第三方平台之间无法就赔付问题达成一致意见，商家可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
可能后果：
- 如果商家能够成功证明骑手存在过错并要求其承担赔偿责任，那么骑手可能需要支付相应的赔付款项。
- 如果商家与骑手或第三方平台之间的赔付问题无法得到妥善解决，可能会影响商家的正常经营和声誉。因此，商家应积极采取措施来维护自己的权益并减少损失。
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