关于“商家申请赔付会扣骑手的钱吗”这个问题，其实涉及的是外卖平台、商家、骑手以及消费者之间在赔付问题上的责任划分和资金流动。以下是我根据相关法律知识和一般行业惯例给出的分析：
结论前置：商家申请赔付是否会扣骑手的钱，这主要取决于外卖平台的赔付规则以及具体的事件情况。一般来说，如果是因为骑手的责任导致的赔付，那么平台可能会从骑手的收入中扣除相应的赔付金额；但如果是商家或平台自身的责任，则不会扣骑手的钱。
分析说明：
骑手责任导致的赔付：
- 在外卖配送过程中，如果骑手因为自己的过失（如迟到、洒餐、送错地址等）导致消费者申请赔付，那么根据外卖平台的赔付规则，平台可能会要求骑手承担一定的赔付责任。这种情况下，商家申请赔付后，平台可能会从骑手的收入中扣除相应的赔付金额。
商家或平台责任导致的赔付：
- 如果赔付是因为商家提供的食品有问题（如食品过期、变质等）或者平台的技术故障（如订单处理错误、支付问题等）导致的，那么责任就不在骑手身上。这种情况下，商家申请赔付后，平台不会扣骑手的钱，而是由商家或平台自身承担赔付责任。
特殊情况：
- 当然，也有一些特殊情况，比如骑手在配送过程中遭遇不可抗力（如恶劣天气、交通事故等）导致无法按时完成配送，这种情况下，平台可能会根据实际情况来决定是否对骑手进行赔付扣除。
法律建议：
- 对于骑手来说，在加入外卖平台时，一定要仔细阅读并了解平台的赔付规则和相关条款，以便在发生赔付时能够明确自己的责任和义务。
- 如果骑手对平台的赔付决定有异议，可以通过平台的申诉渠道进行申诉，或者咨询专业律师来维护自己的合法权益。
总之，商家申请赔付是否会扣骑手的钱，这需要根据具体的情况和外卖平台的赔付规则来判断。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。