结论：在劳务合同纠纷立案后，若一审法院将案由改为劳动合同纠纷，并最终按劳动报酬争议进行判决，这一过程主要涉及案由的变更和法律关系的重新认定，只要法院的判决符合法律规定和案件事实，就是合法有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、案由变更的合法性

1. 法院的自由裁量权：在民事诉讼中，法院有权根据案件事实和法律规定，对案由进行变更。这是法院在审理案件过程中，为了更准确地反映案件的法律关系，确保案件得到公正、合理的处理而行使的自由裁量权。

2. 劳务合同与劳动合同的区别：劳务合同和劳动合同在法律性质、主体关系、权利义务等方面存在显著差异。劳务合同通常涉及的是提供劳务的一方与接受劳务的一方之间的民事关系，而劳动合同则是劳动者与用人单位之间建立的劳动关系。因此，如果法院在审理过程中发现案件实际涉及的是劳动关系，而非劳务关系，那么将案由变更为劳动合同纠纷是合理的。

二、按劳动报酬争议判决的合理性

1. 劳动报酬争议的定义：劳动报酬争议是指劳动者与用人单位在劳动报酬的支付、计算、调整等方面发生的争议。如果案件实际涉及的是劳动报酬的支付问题，那么法院按劳动报酬争议进行判决是符合法律规定的。

2. 判决的依据：法院在判决时，会依据相关的法律法规和案件事实进行裁决。如果法院认为案件涉及的是劳动报酬争议，并且劳动者提供了充分的证据证明用人单位存在拖欠、克扣劳动报酬等违法行为，那么法院判决用人单位支付相应的劳动报酬是合理的。

三、对当事人的影响及应对建议

1. 对当事人的影响：案由的变更和判决结果的出炉，都会对当事人的权益产生影响。如果当事人对案由的变更或判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

2. 应对建议：

   • 仔细审查判决文书：当事人应仔细审查判决文书，了解法院变更案由和判决的具体理由和依据。
   • 收集证据：如果当事人认为法院的判决有误，应积极收集证据，以支持自己的主张。
   • 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，建议当事人咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据案件的具体情况，为当事人提供针对性的法律策略和解决方案。

四、法律背景与依据

• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法规定了劳动争议的调解、仲裁和诉讼程序，为处理劳动报酬争议提供了法律依据。
• 《中华人民共和国劳动合同法》：该法明确了劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等规定，为处理劳动合同纠纷提供了法律保障。

最后，如果当事人对一审法院的判决有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。在处理此类纠纷时，建议当事人保持冷静、理性，并积极寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。