核心结论：在有限责任公司发生一般事故致两人死亡（其中一人为法人配偶）的情况下，赔偿问题需结合事故责任认定、工伤保险、民事赔偿及公司责任独立原则综合处理。以下是具体分析：

1. 事故责任认定是赔偿的前提

• 安全生产事故调查：根据《生产安全事故报告和调查处理条例》，事故发生后需由政府相关部门（如应急管理局）成立调查组，查明事故原因、性质及责任。若认定公司存在安全管理漏洞（如未提供安全培训、设备隐患等），公司可能面临行政处罚（如罚款、停产整顿），同时需承担民事赔偿责任。
• 刑事责任风险：若事故因公司或相关责任人（如法人、安全管理人员）的重大过失或故意导致，可能构成《刑法》中的“重大责任事故罪”或“强令、组织他人违章冒险作业罪”，相关责任人可能被追究刑事责任。

2. 工伤保险赔偿是基础

• 死者家属的工伤保险待遇：若两名死者均与公司存在劳动关系且已缴纳工伤保险，其家属可依法享受工伤保险赔偿，包括：
  • 丧葬补助金：6个月统筹地区上年度职工月平均工资；
  • 供养亲属抚恤金：按死者工资一定比例支付给无劳动能力的亲属；
  • 一次性工亡补助金：上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍（2023年标准约98.56万元）。
• 未参保的后果：若公司未缴纳工伤保险，所有工伤保险待遇需由公司自行承担，且可能面临劳动监察部门的处罚。

3. 民事赔偿的补充与独立

• 公司民事赔偿责任：即使死者已享受工伤保险，若家属能证明公司存在过错（如未提供安全防护措施），仍可依据《民法典》第1191条（用人单位责任）要求公司承担民事赔偿，包括死亡赔偿金、精神损害抚慰金等。但需注意，工伤保险赔偿与民事赔偿可能存在部分重叠（如死亡赔偿金与一次性工亡补助金性质相似），实践中可能按“补差原则”处理。
• 法人配偶的特殊情形：若法人配偶的死亡与公司管理行为无直接关联（如非因工作原因死亡），则公司无需承担民事赔偿；但若事故因法人作为管理者未履行安全职责导致，其配偶身份不影响公司责任，但可能影响法人个人责任（如刑事责任）。

4. 公司责任独立原则的限制

• 有限责任公司债务隔离：根据《公司法》，公司以其全部财产对债务承担责任，股东（包括法人）仅以出资额为限承担有限责任。因此，公司赔偿义务原则上不会直接牵连法人个人财产（除非存在人格混同、资本显著不足等例外情形）。
• 法人个人责任的例外：若法人作为直接责任人（如安全主管）因过失导致事故，可能需承担个人赔偿责任；若法人存在抽逃出资、未履行出资义务等行为，可能需在未出资范围内对公司债务承担补充责任。

5. 实务建议

• 立即启动事故处理程序：公司应配合政府调查，同时与家属协商赔偿，避免矛盾激化。
• 核查保险与合规情况：确认是否缴纳工伤保险、安全生产责任险等，评估公司安全管理漏洞。
• 咨询专业律师：赔偿方案需结合事故细节、证据材料及地方司法实践制定，建议委托律师介入谈判或诉讼。

总结：赔偿问题需以事故责任认定为基础，优先通过工伤保险覆盖基础赔偿，再根据公司过错补充民事赔偿。公司责任原则上独立于股东个人，但需防范法人个人责任风险。具体方案需结合事故调查报告、保险情况及证据材料进一步分析，如有疑问可直接向我咨询。