结论：宅基地自建房开美甲加工厂是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及宅基地用途、房屋性质及是否符合相关规划与审批要求。以下从不同角度进行分析：

1. 宅基地用途限制

根据《土地管理法》及相关规定，宅基地主要用于建造住宅及其附属设施，满足农村居民居住需求。若将宅基地自建房用于开美甲加工厂，可能涉及改变土地用途，需符合以下条件：

• 规划许可：需确认该宅基地是否位于当地规划允许的商业或工业用地范围内。若宅基地位于纯居住区，擅自改变用途可能违反规划要求。
• 审批手续：即使规划允许，也需办理相关审批手续，如土地用途变更登记、建设规划许可等。未经审批擅自改变用途，可能面临行政处罚（如罚款、责令恢复原状）。

2. 房屋性质与使用限制

• 住宅性质：若房屋登记为住宅，用于经营美甲加工厂可能涉及“住改商”问题。根据《民法典》及地方性法规，需满足以下条件：
  • 取得利害关系业主（如邻居）的同意；
  • 符合消防、环保等安全要求；
  • 办理工商登记等经营手续。
• 经营合规性：美甲加工厂可能涉及化学品使用、废弃物处理等，需符合环保、安全生产等法规要求。若未达标，可能面临停业整顿、罚款等风险。

3. 实际案例与风险

• 合法案例：若宅基地位于城乡结合部或规划允许的混合用地范围内，且已办理土地用途变更、经营许可等手续，则可能合法。
• 违法案例：若未办理任何手续，擅自将宅基地住宅改为加工厂，可能面临：
  • 行政处罚：自然资源部门可责令限期改正、罚款，甚至收回宅基地使用权；
  • 民事纠纷：邻居可能以“噪音、污染”等为由起诉，要求停止侵害或赔偿；
  • 刑事风险：若涉及重大安全事故或环境污染，可能构成犯罪（如重大责任事故罪、污染环境罪）。

4. 建议与操作步骤

1. 确认规划与用途：向当地自然资源部门查询宅基地规划用途，确认是否允许商业或工业使用。
2. 办理审批手续：
   • 申请土地用途变更登记；
   • 办理建设规划许可；
   • 取得环保、消防等部门审批；
   • 办理工商营业执照。
3. 合规经营：确保加工厂符合环保、安全生产等要求，避免噪音、污染等影响邻居。
4. 咨询专业意见：在操作前，建议向当地自然资源、住建、环保等部门咨询具体要求，或委托律师协助办理手续。

总结：宅基地自建房开美甲加工厂并非绝对违法，但需严格符合规划、审批及经营合规要求。若未履行相关手续，可能面临行政、民事甚至刑事风险。建议根据实际情况，依法办理手续后再开展经营。如有进一步疑问，可直接向我咨询。