结论：员工赔偿公司损失的钱，在符合特定条件的情况下，可以直接从工资中扣除，但必须严格遵守法律规定，确保扣除行为合法、合理且有据可依，否则可能涉嫌少发工资。
法律依据与原则
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，赔偿款可从劳动者工资中扣除。但这一权利的行使受到严格的法律约束，以保障劳动者的合法权益。
扣除条件与限制
明确的因果关系：
- 公司必须证明存在实际的经济损失，并且该损失是由员工的个人行为直接导致的。例如，员工因重大过失导致设备损坏或客户流失，由此产生的费用可视为公司的经济损失。若损失与员工行为无直接关联，则公司无权扣除工资。
合同或规章制度的明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定员工给公司造成损失时的赔偿责任和方式。或者，公司的规章制度中应有清晰、合理的规定，且该规章制度需经过合法程序制定并向劳动者公示或告知。若合同或规章制度中无相关约定，公司则不能随意扣除工资。
扣除比例和金额限制：
- 公司每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司应按最低工资标准支付。这一限制旨在保障劳动者的基本生活需求。
计算公式（假设员工月工资为W，当地月最低工资标准为M）：
- 每月最多可扣除金额：\(W \times 20\%\)
- 扣除后剩余工资至少为：\(W - (W \times 20\%) = W \times 80\%\)（且需满足\(W \times 80\% \geq M\)）
特殊情况与处理
- 轻微过失或无明确规定：如果员工只是因一般的工作失误造成轻微损失，且公司没有相应的明确规定，公司则不能随意扣除工资。此时，公司应通过加强培训、改进工作流程等方式来预防类似损失的发生。
- 非工作相关损失：如果损失是由员工在工作以外的行为造成的，公司无权从工资中扣除赔偿金。公司应通过其他合法途径来维护自身权益。
- 员工权益保护：在任何情况下，公司都应尊重员工的合法权益。如果员工认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
总结与建议
综上所述，公司在员工造成损失时扣除工资，必须遵循严格的法律规定和限制。为确保扣除行为的合法性和合理性，公司应：
- 在劳动合同或规章制度中明确约定员工造成损失时的赔偿责任和方式；
- 确保损失与员工行为的直接因果关系；
- 遵守扣除比例和金额的限制；
- 尊重员工的合法权益，避免随意扣除工资。
若公司在扣除工资过程中存在违法行为或不合理行为，员工有权通过法律途径来维护自己的权益。因此，建议公司在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保符合法律规定。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。