针对企业开展项目立项技术咨询收取5万元是否会被处罚以及如何处罚的问题，需要结合具体行为性质、是否违反相关法律法规来综合判断，可能涉及行政处罚或刑事处罚，也可能不构成违法无需处罚。以下分情况详细说明：
1. 若行为合法合规，不构成违法，无需处罚
如果企业在开展项目立项技术咨询过程中，依法依规签订了咨询服务合同，明确服务内容、收费标准，且提供了真实、有效的技术咨询服务，同时按照国家规定开具了合法发票，履行了纳税义务，那么收取5万元咨询费属于合法的市场交易行为，不会受到任何处罚。
2. 若存在违法行为，可能面临行政处罚
如果企业在收取咨询费过程中存在以下情形，可能面临行政处罚：
- 未依法纳税：如果企业未按照规定申报纳税，或者存在偷税、漏税等行为，税务机关将依法追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款。根据《税收征收管理法》第六十三条，偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 未取得相关资质：如果技术咨询服务属于需要特定资质才能开展的领域（如工程咨询、环境影响评价等），而企业未取得相应资质却擅自开展业务并收费，可能面临行政处罚。根据《行政许可法》第八十一条，未取得行政许可擅自从事依法应当取得行政许可的活动的，行政机关应当依法采取措施予以制止，并依法给予行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 价格违法：如果企业收取的咨询费明显高于市场合理水平，且无法提供合理依据，可能涉嫌价格违法。根据《价格法》第四十条，经营者有价格违法行为，情节严重的，责令停业整顿或者由工商行政管理机关吊销营业执照。
3. 若行为构成犯罪，可能面临刑事处罚
如果企业在收取咨询费过程中存在以下情形，可能构成犯罪并面临刑事处罚：
- 合同诈骗：如果企业以非法占有为目的，在签订、履行咨询服务合同过程中，虚构事实、隐瞒真相，骗取对方财物，数额较大的，可能构成合同诈骗罪。根据《刑法》第二百二十四条，合同诈骗罪最高可处无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 商业贿赂：如果企业在收取咨询费过程中存在行贿或受贿行为，可能构成商业贿赂犯罪。根据《刑法》第一百六十四条，对非国家工作人员行贿罪最高可处十年有期徒刑，并处罚金；根据《刑法》第三百八十五条，受贿罪最高可处死刑，并处没收财产。
建议
- 自查合规性：企业应首先自查在收取咨询费过程中是否存在上述违法行为，确保所有行为均合法合规。
- 咨询专业意见：如果对自身行为的合法性存在疑问，建议及时咨询专业律师或税务机关，避免因疏忽大意而承担不必要的法律责任。
- 主动整改：如果发现存在违法行为，应立即停止相关行为，并主动向相关部门报告，争取从轻或减轻处罚。
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