结论前置：农户只起诉一家工厂时，可根据实际情况选择单独起诉或追加被告，具体分析如下：

1. 单独起诉一家工厂的合法性
   农户有权选择仅起诉其中一家排污工厂。根据《民法典》第1229条（环境污染和生态破坏责任），污染者需对损害承担无过错责任。若农户能证明该工厂的排污行为与自身损害存在因果关系（如通过环境监测报告、损害鉴定等证据），法院可判决该工厂承担相应赔偿责任。
   注意：若另一家工厂的排污行为与损害无关，或农户无法证明其关联性，单独起诉一家是合理且可行的。

2. 追加另一家工厂为共同被告的可能性
   若农户怀疑两家工厂的排污行为共同导致损害（如排放污染物混合后产生毒性），可依据《民法典》第1172条（分别侵权承担按份责任）或第1168条（共同侵权承担连带责任）申请追加被告。
   操作步骤：

   • 在举证期限内向法院提交书面申请，附证据（如两家工厂排污时间、地点、污染物种类重叠的证明）；
     
   • 法院审查后若认为另一家工厂与案件有关联，会通知其参加诉讼；
     
   • 若法院未追加，农户可在判决后另行起诉另一家工厂（但需注意诉讼时效问题）。

3. 单独起诉的风险与应对

   • 风险：若仅起诉一家工厂，可能因证据不足导致赔偿范围受限（如无法证明该工厂排污占损害的比例）。
     
   • 应对：在诉讼中申请法院委托环境鉴定机构对损害原因、比例进行鉴定，或通过调解、协商要求被告披露另一家工厂的排污信息。

4. 建议行动方案

   • 优先固定证据：收集两家工厂的排污许可证、监测数据、农户损害照片/视频、医疗记录等；
     
   • 咨询专业律师：根据证据情况评估是否追加被告，或通过分案起诉实现全面索赔；
     
   • 关注诉讼时效：环境污染损害赔偿诉讼时效为3年，自知道或应当知道损害时起算。

总结：农户可单独起诉一家工厂，但需确保证据充分；若怀疑多家工厂共同致害，应及时申请追加被告或保留后续追责权利。具体操作需结合证据和案件细节，建议直接向我咨询以制定针对性策略。