商家明确告知消费者反向抹零的行为仍然是违法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国价格法》以及《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，商家在销售商品或提供服务时，应当明码标价，不得在标价之外加价出售商品，不得收取任何未予标明的费用。反向抹零，即商家在收款时，将消费者应付金额的小数部分向上取整，多收取了消费者的费用，这种行为实际上构成了对消费者的价格欺诈或不当得利，违反了上述法律规定。
二、商家告知行为的效力
即使商家在交易前明确告知了消费者将进行反向抹零，这种告知行为并不能改变其违法性。因为法律对商家的定价和收费行为有明确的规范，商家必须遵守这些规范，不能通过单方面的告知来规避法律责任。消费者的知情权和选择权应当得到尊重，但这种尊重并不意味着商家可以违反法律规定进行收费。
三、可能的法律后果
行政处罚：商家因反向抹零行为可能面临市场监管部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
民事赔偿：消费者有权要求商家退还多收的费用，并可能因商家的欺诈行为而要求赔偿损失。根据《消费者权益保护法》的规定，如果商家存在欺诈行为，消费者还可以要求商家增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或者接受服务的费用的三倍；增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。
四、实际案例与启示
在实际生活中，已经有多起商家因反向抹零行为被消费者投诉并受到处罚的案例。这些案例表明，无论商家是否明确告知消费者，反向抹零行为都是违法的，并可能面临严重的法律后果。因此，商家应当遵守法律法规，诚信经营，不得通过任何手段损害消费者的合法权益。
五、建议与提醒
对于消费者而言，在遇到商家反向抹零行为时，应当勇敢维护自己的合法权益，要求商家退还多收的费用，并向市场监管部门投诉举报。同时，消费者在购买商品或接受服务时，也应当仔细核对账单，确保自己的权益不受侵害。
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