在合同纠纷案件中，若法院查明不存在合同关系，原告通常会被认定为不适格。以下是对此问题的详细分析：
一、合同关系与原告适格性的关系
合同关系的存在是原告适格的基础：在合同纠纷中，原告提起诉讼的前提是存在有效的合同关系。如果法院查明双方之间并不存在合同关系，那么原告就缺乏提起合同纠纷诉讼的基础，因此通常会被认定为不适格。
原告适格性的判断标准：原告适格性，即原告是否具备提起诉讼的资格，是诉讼程序中的一个重要问题。在合同纠纷中，原告必须是合同的一方当事人，或者与合同有直接利害关系的第三人。如果法院查明原告并非合同当事人，且与合同无直接利害关系，那么原告就不具备适格性。
二、法院查明不存在合同关系的情形
合同未成立：如果双方虽然进行了协商，但并未就合同的主要条款达成一致，或者存在其他导致合同未成立的情形，如一方未签字、盖章等，那么法院会认定合同未成立，原告因此不适格。
合同无效或被撤销：即使合同已经成立，但如果存在法定无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，损害社会公共利益等）或被撤销的情形（如因欺诈、胁迫而订立等），那么合同将被视为无效或被撤销，原告同样会因此不适格。
合同相对性原则：根据合同相对性原则，合同只对合同当事人具有约束力。如果原告并非合同当事人，而是试图基于合同向第三方主张权利，那么法院会认定原告不适格。
三、原告不适格的法律后果
驳回起诉：如果法院认定原告不适格，那么通常会驳回原告的起诉。这意味着原告的诉讼请求将不会被法院审理，原告需要承担因此产生的诉讼费用等损失。
重新起诉的可能性：如果原告认为其具备适格性，或者存在其他可以提起诉讼的情形（如发现新的证据等），那么可以在符合法定条件的情况下重新起诉。但需要注意的是，重新起诉需要满足一定的条件，如诉讼时效、管辖权等。
四、建议与注意事项
仔细审查合同：在提起合同纠纷诉讼前，原告应仔细审查合同，确保合同已经成立且有效，并确认自己具备适格性。
收集证据：原告应收集与合同相关的证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等，以证明合同关系的存在和自己的适格性。
咨询专业律师：如果原告对合同关系或自己的适格性存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和诉讼策略。
如有任何合同纠纷方面的法律问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和诉讼策略。