结论：原告自认不是案件适格主体时，法院是否继续审理取决于具体情况。一般来说，若法院审查后确认原告不适格，会裁定驳回起诉；若存在争议或法院认为需进一步审查，则可能继续审理。
分析说明：
原告不适格的法律后果：
- 在民事诉讼中，原告必须是与案件有直接利害关系的公民、法人或其他组织，即适格主体。若原告自认不是适格主体，这通常意味着其认为自己与案件无直接利害关系，不具备提起诉讼的资格。
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果法院在审查过程中发现原告不适格，会裁定驳回起诉。这是因为，如果原告不适格，那么整个诉讼就缺乏了基本的法律基础，法院无法对案件进行实质性的审理。
法院可能继续审理的情况：
- 争议存在：尽管原告自认不适格，但如果被告或其他相关方对原告的主体资格提出异议，并认为原告实际上是适格的，那么法院可能会继续审理，以查明事实真相。
- 法院审查需要：在某些情况下，原告的主体资格可能不是一目了然的，需要法院进行进一步的审查。例如，原告可能主张其是某个合同的一方，但被告可能否认这一点。在这种情况下，法院可能需要通过审理来查明合同的真实情况，从而确定原告是否适格。
- 保护当事人诉权：法院在审查原告主体资格时，也会考虑保护当事人的诉权。如果法院认为原告可能因某种原因（如误解法律、证据不足等）而错误地认为自己不适格，那么法院可能会给予原告一定的机会来补充证据或修正其主张，以确保其诉权得到充分保护。
特殊场景：
- 在某些特殊类型的案件中，如公益诉讼，原告的主体资格可能由法律特别规定。在这种情况下，即使原告自认不适格，法院也可能根据法律的规定来审查并确定原告是否具备提起诉讼的资格。
行动建议：
- 对于原告：如果你认为自己不是案件的适格主体，建议在提起诉讼前仔细审查相关法律法规和案件事实，以确保自己的主体资格无误。如果确实存在疑问或不确定，可以寻求专业律师的帮助来评估自己的主体资格。
- 对于被告：如果你对原告的主体资格提出异议，并认为原告不适格，那么你应该在答辩状中明确提出这一点，并提供相关证据来支持你的主张。同时，你也可以关注法院对原告主体资格的审查过程，以确保自己的权益得到充分保护。
法律后果：
- 如果法院最终裁定原告不适格并驳回起诉，那么原告将失去通过该诉讼来维护自己权益的机会。原告可以考虑通过其他途径（如协商、调解、仲裁等）来解决争议。
- 如果法院认为原告适格并继续审理案件，那么案件将进入实质性的审理阶段，双方当事人需要按照法院的指示和要求来参与诉讼活动。
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