当原告起诉的被告主体不适格时，实际上我们更常讨论的是“原告主体不适格”的情况，因为这直接关系到诉讼能否被法院受理或继续审理。不过，针对您提出的问题，我们可以从“如果原告起诉时错误地指定了不适格的被告”这一角度来解析法院可能的处理方式，同时结合原告主体不适格的相关法律原则进行说明。

一、被告主体不适格的含义及影响

被告主体不适格，指的是原告在起诉时指定的被告并非法律上能够承担相应责任或义务的主体。这种情况可能导致诉讼无法达到原告预期的法律效果，因为即使法院判决原告胜诉，也可能因被告不适格而无法执行判决。

二、法院的处理方式

1. 立案审查阶段：

   • 在立案审查时，法院会初步审查原告的起诉状，包括被告的身份信息、与案件的关联性等。
   • 如果法院发现被告主体明显不适格，可能会依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，裁定不予受理原告的起诉，并说明理由。

2. 审理过程中发现：

   • 如果案件已经立案受理，但在审理过程中法院发现被告主体不适格，法院会向原告释明这一情况，并询问原告是否愿意变更被告或撤回起诉。
   • 如果原告坚持不变更被告或撤回起诉，法院将依法作出裁定，驳回原告的起诉。这是因为诉讼必须基于正确的法律关系和适格的当事人进行，否则诉讼将失去意义。

3. 法律后果：

   • 无论是裁定不予受理还是驳回起诉，原告都需要承担相应的诉讼费用（如案件受理费等）。
   • 原告如果认为法院的裁定有误，可以在法定期限内向上一级人民法院提起上诉。

三、与原告主体不适格的对比说明

• 原告主体不适格：通常指原告与案件没有直接的法律关系或不具备提起诉讼的资格。在这种情况下，法院同样会在立案阶段裁定不予受理，或在审理过程中裁定驳回起诉。
• 被告主体不适格：虽然不直接涉及原告的资格问题，但同样影响诉讼的合法性和有效性。法院会基于确保诉讼程序合法性和司法资源合理利用的原则，对不适格的被告进行相应处理。

四、实例说明

假设原告A因财产损害赔偿纠纷起诉被告B，但在审理过程中法院发现B并非实际侵权人，而是C。此时，法院会向原告A释明这一情况，并询问其是否愿意变更被告为C。如果A拒绝变更，法院将裁定驳回A的起诉。

五、总结与建议

当原告起诉的被告主体不适格时，法院会根据具体情况在立案前或审理过程中作出相应裁定。为确保诉讼的顺利进行和有效解决纠纷，建议原告在起诉前仔细审查被告的身份信息和与案件的关联性，必要时可咨询专业律师的意见。如果法院裁定驳回起诉或不予受理，原告应认真分析原因并考虑是否通过上诉或其他合法途径维护自己的权益。