结论：合同明确约定了三个月的试用期后应转正，但过了三个月员工仍未收到转正通知或未被明确告知未转正的，并不直接默认转正，但员工有权依据法律规定和合同约定，通过与公司协商、劳动监察投诉、劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
分析说明：
合同约定与法律规定：
- 合同中明确约定了三个月的试用期后应转正，这是双方对试用期和转正条件的明确约定，具有法律效力。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，试用期包含在劳动合同期限内，且同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。试用期满，员工符合录用条件时即应转为正式员工。但这里的“应”并不意味着自动转正，而是指公司有义务在试用期满后对员工进行评估，并决定是否转正。
公司未履行转正程序的情况：
- 如果公司因管理流程繁琐或相关负责人疏忽，未及时启动转正流程，员工应以书面形式（如邮件）提醒上级领导和人力资源部门，附上合同中关于转正条款的截图，并表达希望顺利转正的意愿。
- 在此情况下，员工并未直接默认转正，但有权要求公司按照合同约定和法律规定履行转正程序。
公司认为员工未达到转正标准的情况：
- 如果公司认为员工在试用期内的工作表现未达到设定的转正标准，公司需有明确、合理的标准，并提供相应证据。
- 员工应主动与上级领导沟通，询问未达到转正标准的具体原因，并要求公司提供具体的考核指标和表现情况说明。如果公司理由不充分，员工可以据理力争，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
员工自身原因未达标准的情况：
- 如果员工经过反思和沟通，意识到自己确实在某些方面未达到公司的转正要求，应虚心接受反馈，制定改进计划，并与领导协商是否给予宽限期。
- 在此情况下，员工并未直接默认转正，而是需要努力提升自己的工作表现，以满足公司的转正要求。
法律层面保障及应对措施：
法律规定：
- 试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或劳动合同约定工资的百分之八十，且不得低于当地最低工资标准。这是保障员工在试用期内的基本生活需求。
- 试用期满，员工符合录用条件时，公司应及时办理转正手续，享受正式员工的待遇。
维护权益途径：
- 协商：首先应与用人单位沟通，了解未转正的具体原因，并表达诉求，双方可协商解决方案。
- 劳动监察投诉：若公司无故不转正，员工可向当地劳动监察部门投诉，提交相关证据（如合同、工作表现记录等），要求调查并责令公司改正违法行为。
- 劳动仲裁：若协商和投诉均无果，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供充分证据支持自己的诉求。仲裁裁决具有法律效力，双方应履行。
- 提起诉讼：如仲裁结果仍不满意，员工可依法向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来支持自己的主张。
行动建议：
- 收集证据：员工应收集与试用期和转正相关的所有证据，包括合同、工作表现记录、沟通记录等，以备不时之需。
- 保持冷静和理智：在面对未转正的情况时，员工应保持冷静和理智，避免情绪化行为影响问题的解决。
- 及时咨询：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，员工应及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。