公司收到法院协助执行通知要求协助扣划员工欠款的，应当依法配合执行，但需注意审查程序合法性并保护员工合法权益。具体处理步骤及注意事项如下：

1. 核实协助执行通知的合法性
   根据《民事诉讼法》第243条，法院有权要求用人单位协助扣留、提取被执行人（员工）的收入，但需满足以下条件：

   • 通知必须为书面形式（如《协助执行通知书》），并附生效法律文书（如判决书、裁定书）复印件；
     
   • 通知需明确扣划金额、执行依据、执行法院联系方式等信息；
     
   • 扣划范围仅限于员工到期应得的收入（如工资、奖金、补贴等），且需保留其基本生活费用（通常按当地最低工资标准计算）。
     若通知存在程序瑕疵（如未附法律文书、金额不明确），公司可要求法院补充材料或提出书面异议。

2. 配合执行的义务与限制

   • 义务：公司作为协助执行人，有义务按通知要求暂停支付员工相应收入，并在指定期限内将款项划至法院账户。拒不配合可能面临罚款（《民事诉讼法》第117条）。
     
   • 限制：
     
     • 扣划金额不得超过员工未履行债务总额；
       
     • 若员工收入为唯一生活来源，公司可要求法院预留必要生活费用；
       
     • 不得扣划员工未到期债权（如未发放的年终奖、期权等）或非收入性财产（如股权、房产）。

3. 员工异议的处理
   若员工对协助执行提出异议（如主张债务已清偿、扣划金额错误等），公司应告知其向执行法院提出书面异议（《民事诉讼法》第232条）。公司不得自行审查异议真实性，但可暂停扣划直至法院裁定。若法院裁定异议成立，公司需恢复支付；若裁定驳回，则继续执行。

4. 公司内部流程建议

   • 留存证据：保存协助执行通知、法律文书、扣划记录等材料，以备后续核查；
     
   • 书面告知员工：向员工出具书面说明，明确扣划原因、金额及法律依据，避免劳动纠纷；
     
   • 合规审查：若涉及高管或特殊岗位员工，建议同步审查公司规章制度是否与执行程序冲突（如工资结构、保密协议等）。

风险提示：若公司擅自支付已被扣划的收入，或协助员工转移财产，可能被法院认定为“妨碍执行”，面临罚款甚至刑事责任（《刑法》第313条）。建议严格按通知要求操作，如有疑问及时联系执行法院确认细节。