在原告否认签名的情况下，一般是由否认签名的一方（即原告）来申请笔迹鉴定，但具体情形还需结合案件实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、申请笔迹鉴定的主体

1. 否认签名方申请：在民事诉讼中，如果原告否认某份文件上的签名是其本人所签，为了证明自己的主张，原告通常需要承担举证责任，即提供证据证明签名非其本人所签。此时，原告可以向法院申请笔迹鉴定，通过专业的鉴定机构来确认签名的真实性。

2. 法院依职权或依申请指定：在某些情况下，如果法院认为笔迹鉴定对于查明案件事实至关重要，且双方当事人均未提出鉴定申请，法院也可以依职权指定鉴定机构进行笔迹鉴定。此外，如果被告对原告的签名提出异议，并申请笔迹鉴定，而原告否认签名且不同意鉴定，但法院认为有必要进行鉴定的，也可以依被告的申请指定鉴定。

二、申请笔迹鉴定的程序

1. 提交申请：当事人需要向法院提交书面鉴定申请，明确鉴定的事项、理由和鉴定材料的送检情况等。

2. 法院审查：法院会对当事人的鉴定申请进行审查，认为需要鉴定的，会委托具备相应资质的鉴定机构进行鉴定。

3. 鉴定过程：鉴定机构会按照法定程序进行鉴定，包括收集鉴定材料、进行科学分析、出具鉴定意见等。

4. 质证与采信：鉴定意见出具后，法院会组织双方当事人进行质证。如果鉴定意见被法院采信，将作为认定案件事实的依据。

三、法律建议

1. 及时申请鉴定：如果你作为原告否认签名，且认为有必要通过笔迹鉴定来证明自己的主张，应及时向法院提交鉴定申请，避免因拖延而影响案件的审理进度。

2. 准备充分证据：在申请笔迹鉴定前，应尽可能收集与签名相关的证据材料，如签名样本、文件原件等，以便鉴定机构进行准确鉴定。

3. 关注鉴定意见：鉴定意见出具后，应认真阅读并理解鉴定意见的内容。如果对鉴定意见有异议，可以在规定的时间内向法院提出重新鉴定的申请或申请鉴定人出庭作证。

4. 咨询专业律师：在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和指导。