非法经营案件中检察院撤回起诉的概率无法直接给出一个具体的数值，因为它受到多种因素的影响，包括案件事实、证据情况、法律适用以及检察院的内部决策等。以下是对这一问题的详细分析：
一、案件事实与证据情况
事实清晰度：如果案件事实清晰，证据确实充分，能够明确证明被告人的行为构成非法经营罪，那么检察院撤回起诉的可能性就相对较小。因为在此情况下，检察院有充分的理由认为被告人应当受到刑事追究。
证据充分性：证据是定罪量刑的基础。如果证据不足或者存在瑕疵，无法形成完整的证据链来证明被告人的犯罪行为，那么检察院可能会考虑撤回起诉，以避免因证据不足而导致的败诉风险。
二、法律适用与解释
法律条文明确性：非法经营罪的法律条文相对明确，但如果案件涉及的法律条文存在模糊或争议之处，或者需要适用新的司法解释或政策，那么检察院在决定是否起诉时可能会更加谨慎。在这种情况下，如果检察院认为法律适用存在困难或风险，可能会选择撤回起诉。
司法实践一致性：司法实践中的一致性也是影响检察院决策的重要因素。如果类似案件在司法实践中存在不同的处理方式或判决结果，那么检察院在决定是否起诉时可能会参考这些先例。如果先例中存在撤回起诉的情况，那么当前案件撤回起诉的可能性也会相应增加。
三、检察院的内部决策
起诉标准把握：检察院在决定是否起诉时，会综合考虑案件的社会危害性、被告人的主观恶性、犯罪情节的严重程度等因素。如果检察院认为案件不符合起诉标准或者起诉后可能带来的社会效果不佳，那么可能会选择撤回起诉。
内部审批流程：检察院的起诉决定需要经过内部审批流程。在这个过程中，如果相关领导或部门对案件存在不同意见或疑虑，可能会要求检察院重新审查案件或撤回起诉。
四、其他因素
被告人态度与配合：被告人的态度、是否认罪认罚以及是否积极配合调查等因素也可能影响检察院的决策。如果被告人表现出良好的认罪态度并积极配合调查，那么检察院可能会考虑给予一定的宽大处理，包括撤回起诉或建议法院从轻处罚。
社会舆论与影响：社会舆论和案件的社会影响也是检察院在决定是否起诉时需要考虑的因素。如果案件涉及的社会问题敏感或复杂，或者可能引发较大的社会反响，那么检察院在决策时可能会更加谨慎和慎重。