非法经营罪在检察院批捕后，确实存在不起诉的可能性。批捕只是刑事诉讼过程中的一种强制措施，它并不等同于有罪认定，也不意味着案件一定会进入审判阶段。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、不起诉的种类及适用情形
法定不起诉（绝对不起诉）
- 适用条件：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者存在《刑事诉讼法》第十六条规定的特定情形，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；其他法律规定免予追究刑事责任的。
- 实例说明：若非法经营行为虽然形式上具备特征，但实际上情节显著轻微，未对市场秩序造成明显破坏，且获利极少，则可能不视为犯罪，检察院应作出不起诉决定。
酌定不起诉（相对不起诉）
- 适用条件：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。这通常适用于犯罪嫌疑人在共同犯罪中起次要或辅助作用，系初犯、偶犯，且真诚悔罪、积极退赃退赔、取得被害人谅解等情形。
- 实例说明：在非法经营案件中，如果犯罪嫌疑人具有自首、立功、从犯等法定从轻、减轻情节，且犯罪情节轻微，检察院可以根据具体情况决定不起诉。
证据不足不起诉（存疑不起诉）
- 适用条件：对于经过二次补充侦查的案件，如果检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这意味着，即使案件经过了公安机关的两次补充侦查，如果检察院审查后发现案件事实不清、证据不确实充分，无法达到起诉标准，也会作出不起诉决定。
- 实例说明：在非法经营案件中，如果定罪证据存在疑问，如证人证言前后矛盾且无法通过其他证据予以印证，或者犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明，检察院可以作出不起诉决定。
二、特殊不起诉情形
- 在某些特殊情况下，如犯罪嫌疑人自首或有重大立功表现，检察院在综合考量案情和法律规定后，也可能作出不起诉的决定。这体现了法律对犯罪嫌疑人改过自新、积极贡献社会的鼓励和支持。
三、法律建议
- 积极配合调查：如果犯罪嫌疑人或其家属认为案件可能符合不起诉的条件，应积极配合公安机关和检察院的调查工作，提供有利于自己的证据和线索。
- 寻求专业法律帮助：由于不起诉决定的作出需要综合考虑多种因素，且法律程序复杂，因此建议犯罪嫌疑人或其家属及时咨询专业律师，以便更好地了解案件情况和法律程序，维护自身合法权益。
总结来说，非法经营罪在检察院批捕后确实存在不起诉的可能性。这取决于案件的具体情况、证据的充分性以及检察院的审查和判断。因此，即使面临批捕，犯罪嫌疑人及其家属也应保持冷静，积极配合调查，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。