非法经营案件中，检察院不起诉并不意味着一定不会罚款，是否罚款需根据不起诉的具体类型及相关行政法规来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、不起诉的类型与罚款的关系
法定不起诉：
- 法定不起诉是指检察机关根据法律规定，对某些不符合起诉条件的案件作出的不起诉决定。
- 在这种情况下，由于案件本身不符合起诉条件，因此通常不会引发后续的行政处罚，包括罚款。
酌定不起诉：
- 酌定不起诉是指检察机关在审查案件后，认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，而作出的不起诉决定。
- 尽管刑事责任得以豁免，但根据案件的具体情况，行政部门可能仍会给予相应的行政处罚，其中就可能包括罚款。例如，非法经营行为可能违反了《中华人民共和国烟草专卖法》或其他相关行政法规，即使不被追究刑事责任，也可能面临行政罚款。
证据不足不起诉：
- 证据不足不起诉是指检察机关在审查案件后，认为现有证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪，而作出的不起诉决定。
- 在这种情况下，由于证据不足，无法确定犯罪嫌疑人的刑事责任，但同样不能排除其可能面临的行政处罚。如果非法经营行为违反了相关行政法规，行政部门仍可能对其进行罚款。
二、行刑反向衔接机制的影响
- 行刑反向衔接机制是检察机关针对此类案件建立的重要制度。它要求检察机关在依法作出不起诉决定后，通过向行政主管机关制发检察意见，监督行政主管机关对不起诉人进行过罚相当的行政处罚。
- 这一机制既是对被不起诉人的警示，促使其深刻认识错误、改过自新，也通过让违法行为承担应有法律后果，切实维护执法司法公正。
- 因此，即使检察机关作出了不起诉决定，被不起诉人仍可能因非法经营行为而面临行政罚款。
三、具体案例与法律依据
- 以李某某非法经营雪茄香烟案为例，尽管检察机关因其犯罪情节轻微而作出了不起诉决定，但李某某仍因违反《中华人民共和国烟草专卖法》而受到了行政罚款。
- 法律依据方面，《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第三款规定：“人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。”
四、建议与注意事项
- 对于非法经营案件的当事人来说，即使检察机关作出了不起诉决定，也不能掉以轻心。应当认真审视自己的行为是否违反了相关行政法规，并主动配合行政部门的调查和处理。
- 如果面临行政罚款等处罚，应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极寻求合法的解决途径。
总结来说，非法经营案件中检察院不起诉并不意味着一定不会罚款。是否罚款需根据不起诉的具体类型及相关行政法规来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。