非法经营不起诉的情况下，仍有可能面临罚款，具体需分情况讨论：

1. 不起诉的法定情形与罚款的关联性
   根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定分为两种情形：

   • 法定不起诉（如情节显著轻微、已过追诉时效等）：此时案件未进入刑事程序，但若行为同时违反《治安管理处罚法》或行政法规（如《无证无照经营查处办法》），行政机关仍可依法处以罚款。例如，非法经营但未达到刑事立案标准（如个人非法经营数额5万元以下），可能被行政处罚。
     
   • 酌定不起诉（犯罪情节轻微，依照刑法不需要判处刑罚）：若检察院认为犯罪情节轻微，可能同时建议行政机关处罚。根据《行政处罚法》第35条，违法行为构成犯罪但免予刑事处罚的，行政机关仍可给予行政处罚。

2. “不起诉≠无责任”的实务原则
   刑事不起诉仅表明行为不构成犯罪或无需刑罚，但行政责任可能独立存在。例如：

   • 非法经营烟草、药品等行为，即使未达刑事立案标准，烟草专卖局、市场监管局仍可依据《烟草专卖法》《药品管理法》处以罚款、没收违法所得；
     
   • 若已构成犯罪但因情节轻微不起诉，行政机关可能根据《行政处罚法》第28条，在刑事程序中已没收的财物直接转为行政处罚，或另行处罚。

3. 例外情形：免予行政处罚的条件
   若行为同时满足以下条件，可能免予罚款：

   • 违法行为轻微且及时改正；
     
   • 未造成危害后果；
     
   • 行政机关认定无需处罚（如首次违法、主动消除影响等）。
     但此类情形需结合具体行政法规及地方执法标准综合判断，实践中比例较低。

建议：若收到不起诉决定书，需同步关注行政机关是否启动处罚程序。如有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。具体案件需结合经营内容、数额、主观恶性等细节分析，可直接向我提供更多信息进一步评估。