结论：员工使用个人收款码是否违法需分情况讨论，主要取决于收款性质、公司制度及资金归属。若涉及职务行为或侵占公司财产，可能构成违法甚至犯罪；若为个人行为且与公司无关，则一般不违法。以下是具体分析及处理建议：
一、是否违法？分情况判断
职务行为中私用个人收款码
若员工因工作需要（如销售、收银等）本应使用公司账户收款，却故意使用个人收款码，且未将款项转交公司，可能涉嫌以下违法情形：
- 民事侵权：违反《民法典》中关于“代理人应将代理事务的收益转交被代理人”的规定，公司可要求员工返还款项并赔偿损失。
- 职务侵占罪（若金额较大）：根据《刑法》第271条，员工利用职务便利将公司财物非法占为己有，数额在3万元以上的，可能被追究刑事责任。
- 挪用资金罪（若暂时占用）：若员工将款项用于个人用途且未及时归还，可能触犯《刑法》第272条，构成挪用资金罪。
非职务行为中使用个人收款码
若员工收款行为与工作无关（如私下帮朋友收款、个人兼职等），且未损害公司利益，一般不违法。但需注意：
- 若公司明确禁止员工使用个人账户处理公司事务（如通过规章制度或劳动合同约定），员工违反规定可能构成违约，公司可依据内部规定处理（如警告、解雇等）。
- 若员工利用公司资源（如客户信息、办公设备）为个人谋利，可能涉嫌不正当竞争或侵犯商业秘密。
二、如何处理？分步骤应对
公司角度：固定证据，依法维权
- 收集证据：保存收款记录（如转账截图、聊天记录）、员工工作职责说明、公司财务制度等，证明款项应归公司所有及员工违规事实。
- 内部处理：根据情节轻重，可先与员工沟通要求返还款项；若员工拒绝，可依据公司制度给予纪律处分（如警告、降薪、解雇）。
- 法律途径：若金额较大或员工拒不配合，可向法院提起民事诉讼要求返还财产；若涉嫌犯罪，可向公安机关报案。
员工角度：主动纠正，避免风险
- 立即返还：若已私收款项，应尽快将款项转交公司并说明情况，争取公司谅解。
- 配合调查：若公司已启动调查，应如实陈述事实，避免隐瞒或伪造证据导致责任加重。
- 咨询律师：若对法律后果不确定，可向我咨询具体风险及应对方案。
三、预防建议：公司如何规避风险？
- 完善制度：明确规定员工不得使用个人账户处理公司事务，并制定违规处罚条款。
- 加强监管：定期核对账目，对异常收款行为及时核查。
- 培训教育：向员工普及法律知识，强调私收款项的严重后果。
提示：法律问题需结合具体证据和细节判断，若您或公司遇到此类纠纷，可直接向我提供更多信息（如收款金额、员工职责、公司制度等），我将进一步分析并给出针对性建议。