结论：车辆有铅封亏称扣驾驶员工资是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若铅封亏称与驾驶员无关

• 法律分析：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但若铅封亏称是由于车辆本身问题（如设备故障）、装载不当（非驾驶员责任）或其他非驾驶员主观过错导致，则用人单位无权直接扣减驾驶员工资。
• 建议：驾驶员可要求用人单位提供铅封亏称与自身行为存在直接因果关系的证据（如监控录像、设备检测报告等）。若无法证明，用人单位扣减工资的行为可能构成违法。

2. 若铅封亏称与驾驶员有关

• 法律分析：
  • 合法情形：若劳动合同或单位规章制度中明确约定“驾驶员需对铅封完整性负责，因故意或重大过失导致亏称的，需承担赔偿责任”，且该制度已通过民主程序制定并公示，则用人单位可按约定扣减工资。但扣减比例需符合《工资支付暂行规定》第十六条的限制（每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
  • 违法情形：若劳动合同或规章制度未明确约定赔偿责任，或用人单位未履行告知义务，或扣减比例超过法定限制，则扣减工资的行为违法。
• 建议：驾驶员应核查劳动合同及单位规章制度，确认是否存在相关约定。若存在但未履行告知义务，可主张制度无效；若扣减比例超标，可要求用人单位补足差额。

3. 用人单位未提供证据直接扣减工资

• 法律分析：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条，因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。若用人单位无法证明铅封亏称系驾驶员责任，直接扣减工资的行为违法。
• 建议：驾驶员可向用人单位提出书面异议，要求提供证据并恢复工资。若用人单位拒绝，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 特殊情形：驾驶员对铅封亏称不知情

• 法律分析：若驾驶员在运输过程中未发现铅封异常（如铅封被他人破坏），且无证据表明其存在疏忽或故意，则用人单位无权扣减工资。铅封管理属于用人单位的运输安全职责，驾驶员仅需按操作规范执行。
• 建议：驾驶员可保留运输过程中的相关记录（如签收单、行车记录仪视频等），证明自身无过错。若用人单位坚持扣减，可通过法律途径维权。

总结：铅封亏称扣减工资是否合法，需结合驾驶员过错、合同约定、制度合法性及证据充分性综合判断。若您遇到此类问题，建议先与用人单位协商，保留相关证据（如工资条、扣减通知、劳动合同等），必要时可直接向我咨询具体维权方案。