在公司破产清算程序中，并没有一个固定的规则来决定是先处理仲裁案件中的员工，还是先处理在职员工的问题，这主要取决于具体的法律程序和实际情况。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律程序的角度：

   • 破产清算程序启动后，法院会指定管理人负责接管破产企业，并处理其财产和债务。管理人会根据《企业破产法》的相关规定，对破产企业的财产进行清算，并按照法定顺序清偿债务。
   • 如果公司存在未了结的仲裁案件，管理人通常会将这些案件纳入破产清算程序中进行处理。这意味着，仲裁案件中的员工和在职员工在破产清算程序中的地位是平等的，他们的权益都将根据法定顺序得到清偿。
   • 在实际操作中，管理人可能会根据案件的紧急程度、涉及金额的大小以及员工的实际情况等因素，来决定处理仲裁案件和在职员工问题的先后顺序。但这并不是固定的规则，而是根据具体情况灵活处理的。

2. 员工权益的角度：

   • 无论是仲裁案件中的员工还是在职员工，他们都是公司的债权人，有权在破产清算程序中获得清偿。
   • 根据《企业破产法》的规定，员工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等，都属于优先清偿的范围。这意味着，在破产清算程序中，员工的这些权益通常会得到优先保障。
   • 如果仲裁案件中的员工已经获得了仲裁裁决，并且该裁决已经生效，那么他们有权根据裁决结果向管理人申报债权，并要求在破产清算程序中得到清偿。同样，在职员工也有权根据劳动合同和法律规定向管理人申报债权。

3. 实际操作的角度：

   • 在破产清算程序中，管理人通常会设立债权申报期限，并通知所有已知的债权人进行债权申报。无论是仲裁案件中的员工还是在职员工，都应在规定的期限内向管理人申报债权。
   • 管理人在收到债权申报后，会进行审查并编制债权表。如果债权人对债权表有异议，可以向法院提起诉讼。这意味着，仲裁案件中的员工和在职员工在破产清算程序中的权益保障是平等的，他们都有权通过法律途径来维护自己的权益。

建议：

• 对于仲裁案件中的员工和在职员工来说，最重要的是及时了解破产清算程序的进展情况，并在规定的期限内向管理人申报债权。
• 如果对管理人的债权审查结果有异议，应及时向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在整个破产清算过程中，建议员工们保持沟通与合作，共同维护自己的权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。