用铅笔写的协议书，签了字但没有按指纹，仍然是具有法律效应的。以下从多个角度为你详细分析：

法律效应的基础

1. 合同成立的要件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立一般需要具备要约和承诺两个阶段，且当事人意思表示真实、一致。在协议书上签字，即表明当事人对协议内容表示认可，并愿意受其约束，这是合同成立的重要标志。
2. 书写工具不影响合同效力：法律并未规定合同必须使用何种书写工具。无论是用铅笔、钢笔还是其他工具书写，只要内容清晰可辨，且符合合同成立的其他要件，合同即具有法律效力。

指纹的作用与替代

1. 指纹并非合同生效的必要条件：在合同签订过程中，指纹通常被视为一种额外的身份验证方式，用于增强合同的真实性和可信度。然而，它并非合同生效的必要条件。只要合同上有当事人的签字，且签字是真实、自愿的，合同即具有法律效力。
2. 其他身份验证方式：除了指纹外，还有多种身份验证方式可以确保合同的真实性，如身份证复印件、驾驶证复印件、电子签名等。这些方式同样可以作为合同生效的依据。

特殊情况下的考虑

1. 合同内容的合法性：虽然用铅笔写的协议书签了字具有法律效力，但合同内容必须合法、合规。如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该合同将被视为无效。
2. 合同履行的可能性：除了合同内容的合法性外，还需要考虑合同履行的可能性。如果合同中的条款无法履行或者履行成本过高，那么该合同可能无法得到实际执行。但这并不影响合同的法律效力，只是在实际操作中可能会遇到困难。

法律建议

1. 确保签字真实自愿：在签订合同时，务必确保签字是真实、自愿的，避免受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
2. 保留合同原件：合同原件是证明合同关系存在和履行情况的重要依据。因此，在签订合同后，务必妥善保管合同原件，避免丢失或损坏。
3. 及时咨询专业律师：如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。

总结来说，用铅笔写的协议书签了字但没有按指纹，仍然是具有法律效应的。只要合同内容合法、合规，且签字真实、自愿，合同即具有法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。