签字按指纹的协议在符合法律规定的情况下确实具有法律效力。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确指出了签字、盖章或按指印在合同成立中的同等法律效力。因此，从法律层面来看，签字按指纹的协议是具有法律效力的。
二、有效性条件
要使签字按指纹的协议具有法律效力，还需满足以下条件：
行为人具有相应的民事行为能力：
- 签订协议的各方当事人必须具备完全民事行为能力，能够独立进行民事活动并承担民事责任。未成年人、精神病人等不具备完全民事行为能力的人签订的协议，其效力可能存在问题，除非是纯获利益的合同或者与其年龄、智力、精神健康状况相适应而订立的。
意思表示真实：
- 协议内容必须是当事人真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果一方通过不正当手段迫使对方签订协议，如欺骗、威胁等，该协议可能被撤销或认定无效。
内容合法且不违背公序良俗：
- 协议的条款不能违反国家法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益、违背社会公德或他人的合法权益。例如，以违法犯罪为内容的协议，或明显不公平、损害弱势群体利益且违背道德伦理的协议，均不具有法律效力。
形式符合法律规定：
- 虽然签字按指纹是常见的确认方式，但法律可能要求某些协议必须以书面形式签订，或者必须经过公证、鉴证等特定程序才能生效。如果法律或行政法规有此类规定，或者当事人之间有此约定，则必须遵守。否则，即使双方签字按指纹，协议也可能因形式不合法而无效。
三、特殊情况说明
民事行为能力问题：
- 如果签字按指纹的人是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，其独立实施的民事法律行为可能无效或需要法定代理人的同意或追认。
意思表示不真实：
- 如果签字按指纹是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下进行的，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
协议内容违法或违反公序良俗：
- 协议内容如果违反法律法规的强制性规定，或违背社会公德和公共利益，即使签了字按了指纹，该协议也是无效的。
四、实际建议
确保指印清晰可辨：
- 在签订协议时，应使用专用的印泥或印油，并确保指印清晰、完整，以便在需要时作为有效证据。
综合考量其他因素：
- 除了签字按指纹外，还需考虑协议内容是否合法、双方是否具有相应的民事行为能力、是否存在欺诈或胁迫等情形。
建议多种方式结合使用：
- 为增强协议的法律效应，可以考虑同时采用签字、盖章与按指印等多种签署方式。
总结与建议：签字按指纹的协议在符合法律规定的情况下具有法律效力。但为确保协议的合法有效性和避免潜在纠纷，建议在签订重要协议前仔细审查协议内容，并确保所有签署人均具备相应的民事行为能力且意思表示真实。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。