结论前置：公司扣技能补贴到底薪是否违法需分情况讨论，若技能补贴属于工资组成部分，则公司行为违法；若属于福利性质且双方有约定，则可能合法。以下为具体分析：

1. 若技能补贴属于工资组成部分
   根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。若技能补贴是公司基于员工技能水平支付的固定补贴（如技术岗位津贴、职称补贴），且劳动合同或公司规章制度中明确将其列为工资组成部分，则公司擅自将其扣除并计入底薪的行为属于克扣工资，违反《劳动合同法》第三十条及《工资支付暂行规定》第十五条，员工有权要求公司补发差额，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若技能补贴属于福利性质且双方有约定
   若技能补贴是公司额外提供的福利（如培训补贴、技能提升奖励），且劳动合同或规章制度中明确约定“公司有权根据经营状况调整补贴发放方式”，或员工签字确认过相关协议，则公司可能不构成违法。但需注意：

   • 调整需符合合理性原则（如公司经营困难需提供证据）；
     
   • 不得违反最低工资标准（扣除后底薪不得低于当地最低工资）；
     
   • 不得通过“拆分工资”逃避社保、个税等法定义务（如将原本计入工资的补贴改为福利，导致社保缴费基数降低）。

3. 员工应对建议

   • 核查依据：检查劳动合同、工资条、公司规章制度中关于技能补贴的约定；
     
   • 协商解决：与公司沟通，要求出具书面说明并补发差额；
     
   • 投诉/仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（时效2年），或申请劳动仲裁（需提供劳动合同、工资记录等证据）；
     
   • 注意时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

提示：若公司以“考核不达标”“技能退步”等理由扣除补贴，需进一步分析扣除依据是否合法（如考核制度是否经民主程序制定、是否公示等）。如有疑问，可直接向我提供具体细节，我会进一步分析。