合同专用章发函在多数情况下是有效的，但其有效性取决于多个因素。以下是对这一问题的详细分析：
合同专用章有效的情形
印章真实且合规刻制：
- 合同专用章需按照法定程序刻制，并在相关部门备案。只要印章真实且刻制程序合法，其在签订合同时即具有法律效力。例如，一家合法注册的公司，其合同专用章经过正规程序刻制并备案，使用该章签订的合同通常具备法律效力。
在授权范围内使用：
- 使用合同专用章签订的合同应属于该主体的经营活动范围，且盖章人需具有相应的授权。例如，公司授权销售人员使用公司合同专用章与客户签订销售合同，只要该业务在其授权范围内，所签合同即具法律效力。
交易习惯认可：
- 在长期商业往来中，若交易双方已形成使用特定合同专用章的习惯，即使该印章存在形式瑕疵，但双方均认可其效力，则合同仍可能被认定有效。比如，两家企业长期合作，一直使用其中一方未备案但长期使用的合同专用章，基于双方的交易习惯，法院可能认定该印章的使用有效。
合同专用章可能无效或存在争议的情形
印章系伪造、私刻：
- 如果合同上加盖的合同专用章是伪造或未经授权私刻的，且相对人对此知情或者应当知情，那么该合同可能不具有法律效力。例如，不法分子伪造企业合同专用章与他人签订合同，该企业对此不予认可，则合同对该企业不发生效力。
超越权限使用：
- 盖章人超越了其权限范围使用合同专用章，而相对人知道或者应当知道盖章人无此权限的，合同可能无效。例如，公司规定某部门合同专用章的使用限额，而该部门却超出限额使用，且对方知晓此情况，此时合同的效力可能会受到影响。
违反法律法规强制性规定：
- 即使合同上加盖了有效的合同专用章，但如果合同内容违反了法律、行政法规的强制性规定，合同依然可能被认定为无效。例如，涉及违法交易的合同，即使盖有合同专用章，也是无效的。
使用合同专用章发函的建议
- 确保印章真实性和合规性：在使用合同专用章时，务必确保印章的真实性和合规性，避免使用伪造或私刻的印章。
- 确认盖章人授权：盖章前应确认盖章人具有相应的授权，且在权限范围内使用印章。
- 审查合同内容：合同内容应遵守法律法规的强制性规定，确保合同的合法性和有效性。
举例说明：假设A公司是一家合法注册的企业，其合同专用章经过正规程序刻制并备案。A公司授权销售人员小李使用该章与客户签订销售合同。小李在授权范围内与B公司签订了一份销售合同，并加盖了A公司的合同专用章。这份合同在法律上是有效的。然而，如果小李未经授权私自伪造了A公司的合同专用章，并与C公司签订了合同，那么这份合同对A公司来说可能是无效的，因为印章是伪造的。
总结来说，合同专用章发函的有效性取决于印章的真实性、使用主体的合法性、使用权限的正当性以及合同内容的合法性。在使用合同专用章时，应谨慎行事，确保一切合规合法，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。