结论：同一笔业务开两张发票且都缴纳增值税是否合法，需分情况讨论，关键在于发票开具的合规性及业务实质是否符合税法规定。以下分情况详细说明：

1. 合法情形：符合税法规定的“分割发票”或“汇总开具”

• 业务实质允许分割：若同一笔业务因客观原因（如合同分阶段履行、服务内容可拆分）需分别开具发票，且每张发票对应实际发生的交易部分（如分阶段付款、分项服务），且税款计算准确、申报完整，则属于合法行为。
  • 示例：甲公司为乙公司提供一年期咨询服务，合同约定按季度付款并开具发票。每季度末根据实际完成的服务内容开具发票，并分别缴纳增值税，符合税法规定。
• 汇总开具的合规操作：若业务涉及多项商品或服务，可按税法规定汇总开具发票（如销售货物时开具“货物一批”的发票），但需附清单明确具体项目。若因管理需要分别开具发票（如按客户要求分开发票），只要交易真实、税款无误，亦合法。

2. 违法情形：涉嫌“虚开发票”或“重复计税”

• 无真实交易虚开发票：若同一笔业务未实际发生，或仅部分发生却开具两张发票（如虚构交易、虚增金额），即使缴纳增值税，仍构成虚开发票行为，违反《发票管理办法》第二十二条，可能面临罚款、没收违法所得，甚至刑事责任。
  • 示例：丙公司为增加成本少缴企业所得税，与丁公司串通，就同一笔未实际发生的咨询业务开具两张发票，双方均申报增值税，属于虚开发票。
• 重复计税导致国家税款损失：若同一笔业务已完整开具发票并缴税，又以其他理由（如补开发票、重复记录）再次开具发票并缴税，导致国家重复征收税款，虽企业可能无主观逃税意图，但操作违规，需退还多缴税款并接受税务机关处理。

3. 特殊情形：政策允许的“红字发票”与“蓝字发票”

• 若因退货、折扣等原因需冲减原发票金额，可按税法规定开具红字发票（负数发票）冲销原交易，再重新开具蓝字发票反映实际金额。此过程中可能涉及两张发票（红字+蓝字），但属于合法更正操作，不视为违规。
  • 关键点：红字发票需与原蓝字发票一一对应，且符合《增值税专用发票使用规定》中关于作废或冲红的条件。

实务建议

1. 严格审核业务真实性：开具发票前确认交易已实际发生，避免虚构业务。
2. 规范发票开具流程：根据业务实质选择汇总开具或分项开具，确保发票内容与合同、付款记录一致。
3. 留存完整证据链：保存合同、付款凭证、物流单据等，以备税务机关核查。
4. 及时咨询税务机关：对复杂业务（如跨境交易、混合销售）的发票开具有疑问时，主动向主管税务局确认合规性。

如有具体业务场景或发票开具细节需进一步分析，可直接向我咨询。