公司合法扣除的费用主要包括以下几种情况：
依法代扣代缴的费用：
- 个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，公司作为扣缴义务人，需要依法从员工的工资中代扣代缴个人所得税。这是公司必须履行的法律义务，因此这种扣除是合法的。
- 社会保险费用：公司根据国家和地方的社会保险政策，需要从员工工资中代扣代缴养老保险、医疗保险、失业保险等社会保险费用。这部分费用也是公司必须依法扣除的。
依法扣除的赔偿费用：
- 如果员工因个人原因给公司造成了经济损失，公司有权根据劳动合同的约定或者公司的规章制度，要求员工赔偿相应的损失。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除赔偿费用，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：
- 如果员工有抚养、赡养义务，且法院判决、裁定中明确要求从其工资中代扣抚养费、赡养费等费用，公司也有权依法进行扣除。
除了上述合法扣除的费用外，公司不得随意扣除员工的工资。具体来说，以下几种情况属于非法扣除：
- 未经员工同意的扣除：公司不得未经员工同意，擅自扣除其工资作为罚款、违约金等。
- 超过法定比例的扣除：如前所述，即使是因为员工造成公司损失而需要扣除赔偿费用，扣除的比例也不得超过员工当月工资的20%。
- 低于最低工资标准的扣除：扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准，否则属于非法扣除。
法律建议：
- 如果员工发现公司存在非法扣除工资的情况，可以首先与公司进行协商，要求公司补发被扣除的工资。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在日常工作中，员工也应注意保留好相关的工资条、劳动合同等证据，以便在需要时能够证明自己的权益。
可能后果：
- 如果公司非法扣除员工工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，公司也可能需要承担因非法扣除工资而给员工造成的损失赔偿责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。