公司扣工会费用是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法扣除工会费用的情形
员工自愿加入工会并同意代扣：
- 根据《中华人民共和国工会法》及相关规定，工会会员有缴纳会费的义务。若员工自愿加入工会，并明确同意从工资中代扣工会会费，且企业按照法定程序操作，那么这种扣除是合法的。
- 具体标准：工会会费的缴纳标准通常按照会员本人每月工资收入的0.5%计算，具体比例可能因地区或行业而有所不同，但应在合理范围内。
企业履行法定程序：
- 企业在代扣工会费前，应通过职工代表大会等民主程序，向员工明确说明工会会费的扣缴依据、标准和用途等相关事项，确保员工的知情权。
- 企业应建立健全工会费管理制度，明确扣除标准和程序，并加强内部管理，规范扣除流程。
二、非法扣除工会费用的情形
员工未加入工会：
- 若员工未加入工会，企业擅自从工资中扣除工会费，这属于违法行为。因为非会员无需缴纳工会会费。
企业未履行法定程序：
- 若企业扣除工会费的标准不符合规定，或未按照法定民主程序告知员工，同样构成非法扣除。例如，未经员工同意擅自提高收费标准或扩大收费范围。
侵犯员工合法权益：
- 企业在代扣工会费时，应确保不侵犯劳动者的合法权益。如不得因员工拒绝缴纳会费而对其进行歧视或报复。
三、员工权益保障与维权途径
沟通协商：
- 如果员工对工会费扣除存在疑问或争议，应先与企业的工会组织或人力资源部门进行沟通，了解具体情况并寻求解决方案。
投诉举报：
- 若沟通无果，员工有权向当地劳动监察部门投诉，要求对企业非法扣除工会费的行为进行调查和处理。
法律途径：
- 员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据证明企业非法扣除工会费的事实。
四、实际案例与操作建议
- 实际案例：在某些案例中，用人单位因未按规定程序扣除工会费而引发劳动纠纷。法院最终判决用人单位返还非法扣除的工会费，并承担相应法律责任。
- 操作建议：企业应建立健全工会费管理制度，明确扣除标准和程序，并加强与员工的沟通与交流。同时，员工也应了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。
总结来说，公司扣工会费用是否合法取决于员工是否自愿加入工会、企业是否履行法定程序以及扣除标准是否符合规定等因素。企业和员工都应遵守相关法律法规，确保工会费的缴纳与使用合法合规。如果您对公司扣除工会费用有疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。