关于政府批建的自建房，邻居协议是否有效的问题，这主要取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 协议内容的合法性：

   • 邻居之间就自建房的相关事宜达成的协议，如果内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在法律上是有效的。例如，协议中约定了双方对自建房的共有份额、使用方式、维护责任等，且这些约定均符合法律法规的规定，那么这样的协议就是有效的。

2. 政府批建的影响：

   • 政府批建的自建房，意味着该房屋的建设已经得到了相关政府部门的批准和许可。然而，这并不意味着邻居之间的协议就一定有效或无效。政府批建主要关注的是房屋的建设是否符合城市规划、土地使用等规定，而邻居之间的协议则更多地关注双方之间的权利和义务关系。
   • 如果邻居之间的协议内容与政府批建的条件或要求相冲突，例如协议中约定了超出政府批建范围的建筑或使用方式，那么这样的协议部分或全部可能无效。

3. 协议的形式要件：

   • 除了内容合法外，协议的形式要件也至关重要。一般来说，为了确保协议的法律效力，最好采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。如果协议涉及重大利益或复杂事项，还可以考虑进行公证或律师见证。

4. 实际履行情况：

   • 协议的效力不仅取决于其内容和形式，还取决于双方的实际履行情况。如果双方能够按照协议的约定履行各自的义务，那么协议的效力就得到了进一步的确认。反之，如果一方或双方违反了协议的约定，那么另一方就有权要求违约方承担相应的法律责任。

建议：

• 在签订邻居协议前，最好先咨询专业律师的意见，以确保协议的内容合法、有效且符合双方的利益。
• 如果协议已经签订但存在争议或疑问，也可以寻求专业律师的帮助进行解释和调解。
• 在实际履行协议过程中，双方应保持良好的沟通和合作，共同维护协议的效力和双方的权益。

可能存在的法律后果：

• 如果邻居协议被认定为无效或部分无效，那么双方可能需要根据实际情况重新协商或寻求法律途径解决争议。
• 如果一方违反了有效的协议约定，另一方有权要求违约方承担违约责任，包括赔偿损失、继续履行等。

总之，政府批建的自建房邻居协议的有效性取决于多个因素，包括协议内容的合法性、政府批建的影响、协议的形式要件以及实际履行情况等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。