结论：保安12小时两班倒，单位按13.1元1小时算超时工资是否合法，需结合具体工资基数和当地规定来判断，一般情况下，若该时薪低于法定标准则不合法。以下为详细分析：

一、超时工资的计算标准

根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若因工作需要加班，用人单位需支付加班费。对于超时工作（即超过8小时的部分），加班费通常按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付。

二、时薪的确定

1. 基本工资作为基数：

   • 通常情况下，时薪的计算是基于劳动者的基本工资。如果保安的基本工资对应的时薪低于13.1元，但单位在计算超时工资时却按13.1元/小时来算，这本身并不直接说明是否合法，因为关键要看这个时薪是否达到了法定加班费支付标准的基数要求。
   • 计算公式：假设保安的基本工资为W元/月，每月工作天数为D天（通常按21.75天计算，考虑法定假日），每天工作小时数为H小时（此处为8小时，但实际计算超时工资时需考虑超时部分），则基本时薪为 \( \frac{W}{D \times 8} \) 元/小时。超时工资则应为 \( 基本时薪 \times 150\% \times 超时小时数 \)。

2. 当地最低工资标准：

   • 即使单位按13.1元/小时计算超时工资，这个时薪也不得低于当地最低工资标准对应的小时工资。如果当地最低工资标准对应的小时工资高于13.1元，则单位按13.1元/小时计算超时工资是不合法的。

三、具体案例分析

• 假设情况一：若保安的基本工资对应的时薪为10元/小时，当地规定加班费支付标准为基本时薪的150%，则超时工资应为15元/小时。此时，单位按13.1元/小时计算超时工资，低于法定标准，因此不合法。
• 假设情况二：若保安的基本工资对应的时薪为12元/小时，但当地最低工资标准对应的小时工资为14元/小时，且加班费支付标准为不低于最低时薪的150%（即21元/小时中的超时部分按不低于此比例的某种方式折算，但直接比较时薪时以最低时薪为准判断基础合法性），则单位按13.1元/小时计算超时工资同样低于法定最低标准，不合法。不过，实际操作中加班费计算可能更复杂，需结合具体规定，但此处为简化说明。
• 特殊情况：如果当地有特殊规定，或者保安与单位之间有特别的约定（且该约定不违反法律法规的强制性规定），则可能按照特别规定或约定来执行。但这种情况较为少见，且需严格审查其合法性。

四、建议

1. 核实基本工资和时薪：保安应首先核实自己的基本工资和对应的时薪，以及当地最低工资标准对应的小时工资。
2. 咨询当地劳动部门：如果对单位的超时工资计算方式有疑问，可以咨询当地劳动部门或劳动监察大队，了解具体的法律规定和计算标准。
3. 保留证据并维权：如果发现单位存在违法行为，如超时工资计算不合法等，应保留好相关证据（如工资条、考勤记录等），并及时向劳动部门投诉或寻求法律援助。

如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。