在劳动者与用人单位对离职原因提供的证据有分歧时，劳动仲裁机构或法院会根据双方提供的证据以及相关法律法规进行综合认定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、证据的收集与审查
双方证据的提交：
- 劳动者和用人单位在劳动仲裁或诉讼过程中，都有义务提交与离职原因相关的证据。这些证据可能包括书面离职申请、离职交接单、工资结算单、聊天记录、邮件往来等。
- 双方应确保所提交的证据真实、合法、有效，并能够直接证明离职原因。
证据的审查：
- 劳动仲裁机构或法院会对双方提交的证据进行审查，判断其真实性、合法性和关联性。
- 对于存在争议的证据，仲裁机构或法院可能会要求双方进行质证，或者根据需要委托第三方机构进行鉴定。
二、离职原因的认定原则
优势证据原则：
- 在双方证据存在分歧的情况下，劳动仲裁机构或法院会遵循优势证据原则，即哪一方的证据更具说服力、更能够证明离职原因，就倾向于采纳哪一方的证据。
- 这并不意味着证据数量多的一方就必然胜诉，而是要看证据的质量和证明力。
合法性原则：
- 离职原因的认定必须符合法律法规的规定。例如，如果用人单位以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同，那么必须确保该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，并且劳动者的行为确实构成了严重违反规章制度。
公平合理原则：
- 在认定离职原因时，劳动仲裁机构或法院还会考虑公平合理原则。即要确保认定结果既符合法律法规的规定，又能够体现公平正义，不偏袒任何一方。
三、具体情形下的认定
劳动者主动离职：
- 如果劳动者主张是主动离职，但用人单位否认，那么劳动者需要提供证据证明其主动离职的意愿和行为，如书面离职申请、离职交接单等。
- 如果劳动者无法提供充分证据，而用人单位能够提供相反证据（如劳动者继续出勤、接受工作任务等），则可能认定劳动者并非主动离职。
用人单位解除劳动合同：
- 如果用人单位主张是合法解除劳动合同，但劳动者否认，那么用人单位需要提供证据证明解除劳动合同的合法性，如劳动者严重违反规章制度的证据、经济性裁员的程序性证据等。
- 如果用人单位无法提供充分证据，或者提供的证据存在瑕疵，则可能认定用人单位解除劳动合同的行为违法。
双方协商一致离职：
- 如果双方主张是协商一致离职，但存在分歧，那么需要审查双方是否有书面协议或者能够证明协商一致的其他证据。
- 如果双方均无法提供充分证据，则可能根据实际情况和公平合理原则进行认定。
四、法律建议
对于劳动者：
- 在离职时，应尽可能保留与离职相关的书面证据，如离职申请、离职交接单等。
- 如果与用人单位发生争议，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并准备充分的证据来支持自己的主张。
对于用人单位：
- 在解除劳动合同时，应确保解除行为的合法性，并保留相关证据。
- 如果与劳动者发生争议，应积极应对，提供充分证据来证明自己的主张，并尊重劳动仲裁机构或法院的裁决结果。
总之，在劳动者与用人单位对离职原因提供的证据有分歧时，劳动仲裁机构或法院会根据双方提供的证据以及相关法律法规进行综合认定。因此，双方都应重视证据的收集和保留工作，并在争议发生时及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。