结论：考核没过公司扣晚班补贴是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效以及考核与扣补贴之间的关联性是否合理。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法性角度
规章制度需合法制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度未经上述程序制定，或内容违反法律、行政法规及政策规定，则该规章制度不合法，公司依据此规章制度扣晚班补贴的行为也不合法。
规章制度需公示或告知劳动者：
- 规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若公司未将考核制度及扣补贴规定公示或告知劳动者，劳动者有权主张该规定对其不产生约束力，公司扣补贴行为不合法。
二、考核与扣补贴关联性角度
考核与扣补贴需有直接关联：
- 若公司规章制度中明确规定，考核未通过将直接导致晚班补贴的扣除，且该规定合法有效，则公司扣补贴行为可能合法。
- 但若考核与晚班补贴无直接关联，或公司无法证明考核未通过与晚班补贴扣除之间的合理性，则公司扣补贴行为可能不合法。
考核需公平合理：
- 考核标准、程序等需公平合理，不得存在歧视性、任意性等不合理情形。
- 若公司考核存在不公平、不合理情形，导致劳动者考核未通过，进而扣除晚班补贴，劳动者有权主张公司行为不合法。
三、实际操作建议
审查公司规章制度：
- 劳动者应首先审查公司规章制度是否合法有效，包括是否经过民主程序制定、是否公示或告知劳动者等。
收集证据：
- 劳动者应收集与考核、扣补贴相关的证据，如考核表、扣补贴通知、公司规章制度等，以证明公司行为是否合法。
协商或投诉：
- 若劳动者认为公司扣补贴行为不合法，可先与公司协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
举例说明：假设公司规章制度中明确规定，员工考核未通过将扣除当月晚班补贴，且该规定经过民主程序制定并公示或告知了劳动者。若某员工考核未通过，公司依据此规定扣除其晚班补贴，则该行为可能合法。但若公司无法证明考核的公平合理性，或考核与晚班补贴无直接关联，则公司扣补贴行为可能不合法。
进一步思考：劳动者在面对公司扣补贴行为时，应首先了解自己的权益和公司规章制度的内容，必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。同时，公司也应遵守相关法律法规，制定合法合理的规章制度，确保劳动者的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。