结论：公司以迟到为由考核工资是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、迟到是否构成严重违反规章制度、考核工资的方式是否合理等。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度合法性
规章制度制定程序：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若公司规章制度未经上述程序制定，可能因程序违法而不被认可。
规章制度内容合法性：规章制度的内容不得违反法律、法规的规定。例如，若规章制度中规定的迟到罚款数额过高，可能违反《劳动法》中关于工资支付的规定，即不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
二、迟到是否构成严重违反规章制度
迟到次数与频率：若员工偶尔迟到，且未对公司造成重大损失，一般不构成严重违反规章制度。公司应首先通过警告、教育等方式进行纠正，而非直接考核工资。
规章制度中的具体规定：若公司规章制度中明确规定了迟到的具体后果，如迟到一次扣减一定比例的工资，且该规定合法合理，那么公司以迟到为由考核工资可能是合法的。但需注意，扣减工资的比例应合理，不得过度侵害劳动者的合法权益。
三、考核工资的方式合理性
扣减工资比例：即使公司规章制度中规定了迟到扣减工资，扣减的比例也应合理。一般来说，扣减的工资不应超过劳动者当月工资的20%，且扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣减比例过高，可能构成违法克扣工资。
工资支付方式：公司应按照劳动合同约定的时间和方式支付工资。若因迟到而扣减工资，公司应在工资支付时明确说明扣减的原因和金额，并确保扣减后的工资按时足额支付给劳动者。
四、法律建议
审查公司规章制度：劳动者应首先审查公司的规章制度是否合法合理，特别是关于迟到扣减工资的规定。若发现规章制度存在违法或不合理之处，可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
保留证据：若劳动者认为公司以迟到为由考核工资不合法，应保留相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在争议发生时维护自己的合法权益。
协商与调解：在争议发生时，劳动者可以尝试与公司进行协商或寻求工会、劳动调解组织的帮助，以和平解决争议。
法律途径：若协商和调解无果，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付被违法扣减的工资及相应的经济补偿。
总结：公司以迟到为由考核工资是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、迟到是否构成严重违反规章制度以及考核工资的方式合理性等因素。劳动者在面对此类情况时，应保持冷静，审查公司规章制度，保留相关证据，并尝试通过协商、调解或法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。