针对您提出的“超过追诉期限的刑事案件的赃款赃物应当如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、明确结论

即使犯罪行为已经超过了追诉期限，对于赃款赃物的追缴依然是不受限制的。司法机关将依法进行追缴工作，以确保法律的严肃性和社会公正。

二、法律依据与解释

根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，无论案件是否已过追诉时效，均应当予以追缴或者责令退赔。这一法律条款为追缴赃款赃物提供了坚实的法律基础，并强调了追缴行为并不受追诉时效的约束。追诉时效主要针对的是刑事犯罪行为的追诉，而涉案财物的处理，特别是赃款赃物的追缴，则是一个独立的法律程序，不受追诉时效的限制。

三、追缴途径与措施

1. 侦查机关追缴：

   • 公安机关、人民检察院等侦查机关在发现犯罪线索后，即便案件已过追诉时效，若掌握明确的赃款赃物线索和证据，仍可启动调查程序进行追缴。
   • 侦查机关有权采取查询、冻结、扣押等多种措施，确保赃款赃物不被转移、隐匿或挥霍。

2. 人民法院判决追缴：

   • 若案件进入审判阶段，法院在审理过程中查明存在赃款赃物，即使犯罪行为已过追诉时效，也会在判决中明确作出追缴决定。
   • 判决生效后，由法院执行部门负责具体的追缴工作，包括强制扣划被执行人银行存款、拍卖被执行人名下的财产等。

3. 责令退赔：

   • 在赃款赃物无法直接追回的情况下，司法机关可责令犯罪分子用其合法财产进行退赔，以弥补被害人的损失。
   • 这是一种补充性的追缴方式，旨在最大程度保障被害人的合法权益。

四、实际操作中的考虑因素

虽然追缴赃款赃物不受追诉时效限制，但随着时间推移，确实可能面临证据灭失、赃款赃物去向难以查明、犯罪分子经济状况变化等挑战。然而，司法机关仍会依法尽力开展工作，通过多种手段和方法查找、追回赃款赃物，以维护法律的严肃性和社会公正。

五、特殊情况的说明

值得注意的是，如果犯罪嫌疑人自愿退还赃款赃物或主动投案自首，这虽不能免除其法律责任或对违法所得的追缴义务，但可能在后续的司法程序中被视为一种积极的表现，从而获得一定的从宽处理。然而，这并不意味着可以逃避法律的制裁或对违法所得的追缴义务。

综上所述，超过追诉期限的刑事案件的赃款赃物依然可以被依法追缴。这是法律对违法所得的一种严格处理方式，也是维护社会公正、法治秩序和被害人合法权益的重要举措。希望这一解答能够对您有所帮助。