结论：有公司落款的协议书，没有公司敲章，但是有法人兼股东的签字，在特定情况下是可以起诉公司的，但具体能否起诉成功以及起诉后的法律效果，需要结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议书的法律效力
公司落款与法人签字：
- 协议书上虽然未加盖公司公章，但有公司的落款，这表明协议是以公司的名义订立的。
- 法人作为公司的代表，其签字在法律上通常被视为公司的行为，尤其是当法人同时是股东时，其签字更具有一定的权威性。
合同成立的要件：
- 根据《民法典》的相关规定，合同成立一般需要双方意思表示一致，并具备合同的主要条款。
- 在此情况下，协议书上有公司的落款和法人的签字，可以视为双方已经就合同的主要条款达成了一致，合同因此成立。
二、起诉公司的可行性
合同相对性原则：
- 根据合同相对性原则，合同只对缔约双方具有法律约束力。因此，如果协议书被认定为有效合同，那么公司作为合同的一方，应当承担相应的合同义务。
- 如果公司未履行合同义务，另一方有权依据合同起诉公司，要求其承担违约责任。
法人签字与表见代理：
- 如果法人的签字行为构成表见代理，即相对人有理由相信法人有权代表公司签订合同，那么即使合同上未加盖公司公章，公司也可能需要承担合同责任。
- 在此情况下，法人作为公司的代表，其签字行为在法律上可能被视为公司的行为，公司因此成为合同的当事人。
三、可能面临的法律风险与应对建议
公司否认合同效力：
- 公司可能会以合同未加盖公章为由否认合同的效力。此时，需要收集其他证据来证明合同的成立和有效性，如双方交易习惯、法人签字时的授权情况等。
- 如果能够证明法人签字是代表公司的行为，且双方已经就合同的主要条款达成了一致，那么合同仍然可能被认定为有效。
诉讼策略与证据收集：
- 在起诉公司前，需要制定详细的诉讼策略，并收集充分的证据来支持自己的主张。
- 证据可以包括协议书原件、法人签字的证明、双方交易往来的记录等。这些证据将有助于证明合同的成立和有效性，以及公司未履行合同义务的事实。
寻求专业法律帮助：
- 由于涉及公司法务和合同纠纷等复杂法律问题，建议寻求专业律师的帮助。
- 律师可以协助你分析案情、制定诉讼策略、收集证据，并在诉讼过程中为你提供法律支持和代理服务。
进一步思考：在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在决定是否起诉公司以及如何起诉时，需要充分考虑案件的具体情况、相关证据以及法律规定等因素。如果你面临类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议和帮助。