当纪委在处理行政执法案件时发现程序违法，可按以下方式处理：

1. 立即叫停相关程序：一旦发现程序违法，纪委应第一时间要求行政执法机关停止正在进行的违法程序，防止违法后果进一步扩大，避免对当事人合法权益造成更严重的侵害。例如，若在行政处罚程序中，发现未依法告知当事人陈述、申辩权利就作出处罚决定，此时应立即叫停后续可能涉及的执行等环节。
2. 开展调查核实：纪委要全面、深入地调查程序违法的具体情况，包括违法的环节、原因、涉及的人员等。通过查阅相关文件、询问当事人和执法人员、调取监控录像等方式收集证据，以准确认定违法事实。比如，调查行政许可程序中是否存在超期办理、未按规定进行实地核查等程序违法问题，要详细了解每个步骤的具体情况。
3. 区分违法性质和情节：
   • 一般程序违法：如果程序违法情节较轻，对当事人的实体权利影响较小，且没有造成严重后果，纪委可以督促行政执法机关自行纠正。例如，行政执法文书存在个别文字错误、送达时间稍有延迟等情况，可要求执法机关及时补正文书、重新送达等。
   • 严重程序违法：若程序违法情节严重，严重影响了当事人的合法权益，或者导致行政执法行为可能被撤销、确认无效等后果，纪委应依法依规对相关责任人员进行严肃问责。根据违法情节的轻重，给予相应的党纪政务处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。例如，在行政强制措施实施过程中，未依法出示执法证件、未制作现场笔录等严重违反法定程序的，要对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予相应处分。
4. 监督整改落实：纪委要持续监督行政执法机关对程序违法问题的整改情况，确保整改措施落实到位。要求行政执法机关建立健全长效机制，加强内部监督和管理，规范执法程序，提高执法水平，防止类似程序违法问题再次发生。例如，定期对行政执法机关的执法程序进行检查和评估，督促其完善相关制度。
5. 保障当事人合法权益：对于因程序违法给当事人造成损失的，纪委要督促行政执法机关依法给予赔偿。同时，要向当事人做好解释说明工作，告知其权利救济途径，如申请行政复议、提起行政诉讼等，切实保障当事人的合法权益。

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