在刑事案件中，如果发现办案单位存在程序违法的情况，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益并确保案件的公正处理：

一、向办案机关提出申诉或控告

首先，您或您的辩护人、诉讼代理人有权直接向办案机关提出申诉或控告，明确指出程序违法的问题，并要求办案机关对此进行审查处理。这是最直接且有效的初步解决方式。

二、向同级人民检察院申诉

如果办案机关驳回了您的申诉或控告，或者您对处理结果不满意，您可以进一步向同级人民检察院提出申诉。人民检察院作为法律监督机关，有责任对申诉进行及时审查。如果情况属实，人民检察院会通知有关机关予以纠正，确保案件的合法性和公正性。

三、在法庭审判过程中提出纠正意见

在法庭审判过程中，如果辩护人发现审判程序违反了法律规定，有权及时提出纠正意见。法庭应当认真审查这些意见，如果确实存在违法情况，应当依法予以纠正，以保障审判的公正性和合法性。

四、上级人民法院的提审或指令再审

对于已经发生法律效力的判决、裁定，如果上级人民法院发现其中存在程序违法的情况，有权提审该案件或者指令下级人民法院进行再审。这是确保司法公正和纠正错误判决的重要机制。

五、人民检察院对执行活动的监督

人民检察院不仅对审判活动进行监督，还对执行活动中的程序违法情况进行监督。如果发现执行机关在执行过程中存在程序违法的情况，人民检察院有权通知执行机关进行纠正，确保执行的合法性和公正性。

总结与建议

面对刑事案件中的程序违法问题，您应当积极行使自己的权利，通过合法途径提出申诉或控告。同时，建议您在处理此类问题时，咨询专业的法律人士，如律师或法律顾问，以获取更具体、更专业的法律建议。他们可以帮助您更准确地识别程序违法问题，并指导您如何有效地维护自己的合法权益。

总之，保障刑事案件严格依法定程序进行，是维护当事人合法权益及司法公正的重要基石。面对程序违法问题，我们应当积极行动，通过合法途径寻求解决，以确保案件的公正处理。