纪委对办案单位违法行使职权行为的处理方式主要依据违法程度、性质及后果，通过监督执纪程序进行责任追究，具体处理方式如下：

1. 初步核实与立案审查
   纪委接到举报或发现办案单位存在违法行使职权线索后，会启动初步核实程序，通过调取案卷、询问相关人员、调取监控或录音录像等方式，确认是否存在违法事实。若初步核实存在违法情形，将正式立案审查，重点审查违法行为的性质（如刑讯逼供、超期羁押、违规取证等）、主观故意（故意或过失）及造成的后果（如冤假错案、当事人权益受损等）。

2. 责任认定与分类处理
   根据违法行为的严重程度，纪委将责任分为三类：

   • 直接责任人员：对具体违法行为的实施者（如办案民警、检察官）进行党纪政务处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等；若涉嫌犯罪（如滥用职权罪、玩忽职守罪），将移送司法机关追究刑事责任。
     
   • 领导责任人员：对分管领导或主要负责人因管理失职、监督不力导致的违法行为，给予党纪政务处分（如诫勉谈话、通报批评、党纪处分等），并责令整改。
     
   • 单位责任：若违法行使职权行为具有系统性、普遍性，纪委将建议办案单位上级机关或党委对单位进行通报批评、限期整改，或调整领导班子。
     

3. 纠正违法后果与救济
   纪委在处理违法行使职权行为时，会同步要求办案单位纠正违法后果，例如：

   • 撤销违法作出的强制措施（如超期羁押、非法搜查）；
     
   • 排除非法证据（如通过刑讯逼供获得的口供）；
     
   • 对当事人进行国家赔偿（如因违法羁押导致人身自由受损）；
     
   • 恢复当事人名誉（如通过公开道歉、澄清事实等方式消除不良影响）。
     

4. 监督与预防机制完善
   纪委将针对违法行使职权行为暴露的制度漏洞，向办案单位发出纪律检查建议书或监察建议书，要求完善执法规范、强化监督制约（如落实执法全程录音录像、建立案件质量终身负责制等），并定期跟踪整改情况，防止问题反弹。

若您发现办案单位存在违法行使职权行为，可直接向纪委监委举报（可通过12388举报平台或当地纪委监委信访窗口），同时保留相关证据（如书面材料、录音录像、证人联系方式等）。如需进一步分析具体案件中的法律风险或救济途径，可直接向我咨询。